Hiện khu vực đường lăn có kết cấu bê tông nhựa tại cảng đang xuống cấp nghiêm trọng. Đặc biệt, đường lăn S3 dù đã được sửa chữa và mới đưa vào khai thác tháng 8-2018 nhưng đến nay tiếp tục bị hư hỏng trở lại do nền yếu và phùi bùn lên trên bề mặt. Đồng thời, khu vực đường lăn có kết cấu bê tông xi măng thường xuyên bị nứt vỡ.
Nguyên nhân xuống cấp là do tần suất khai thác chuyến bay tại CHKQT Nội Bài ngày càng lớn, đặc biệt là các máy bay có tải trọng lớn gia tăng. Nếu không được sửa chữa kịp thời, mức độ hư hỏng cũng như mật độ và phạm vi hư hỏng ngày càng tăng.
Hiện trong khung giờ cao điểm (từ 9 - 14g hàng ngày), CHKQT Nội Bài đang khai thác khoảng 40 chuyến/giờ. Trong đó, Vietnam Airlines khai thác 18 chuyến/giờ, Vietjet 6 chuyến/giờ, Jetstar Pacific 3 chuyến /giờ và Bamboo Airways 2 chuyến/giờ, còn lại là các chuyến bay của hãng hàng không nước ngoài. Để phục vụ việc thi công, các hãng đã cam kết sẽ điều chỉnh, tiết giảm các chuyến bay trong khung giờ cao điểm
