Tuy nhiên, sau khi nghe kiến nghị của luật sư bào chữa cho các bị cáo, chủ tọa đã quyết định hoãn phiên tòa. Lý do kiến nghị hoãn tòa mà luật sư đưa ra đó là thiếu đại diện bị hại, kết quả kiểm định tài sản cầu Ghềnh chưa rõ, người kiểm tài sản định không đến tòa theo triệu tập.
Ngoài ra, các luật sư cũng kiến nghị khởi tố vụ án thiếu trách nhiệm gây hâu quả nghiêm trọng đối với Tổng Công ty Đường sắt Việt Nam vì trước năm 1975, cầu Ghềnh có trụ chống va nhưng thời điểm xảy ra tai nạn thì cầu không có trụ này đồng thời thay đổi biện pháp ngăn chặn đối với các bị cáo. Tuy nhiên, HĐXX quyết định hoãn phiên tòa nhưng không đề cập đến việc thay đổi biện pháp ngăn chặn đối với hai bị cáo.
Theo cáo trạng, Trần Văn Giang bị truy tố về tội “Vi phạm quy định về điều khiển phương tiện giao thông đường thủy” còn Phan Thế Thượng bị truy tố về tội “Đưa vào sử dụng các phương tiện giao thông đường thủy không đảm bảo an toàn” và “Giao cho người không đủ điều kiện điều khiển các phương tiện giao thông đường thủy”. Liên quan đến vụ án Nguyễn Văn Lẹ có mặt trên chiếc tàu đẩy sà lan cùng với bị cáo Giang khi tai nạn xảy ra, nhưng trong quá trình điều tra, cơ quan công an xác định Lẹ chỉ là người phụ việc trên tàu nên không bị truy cứu trách nhiệm hình sự.
Khoảng 8 giờ ngày 19-3-2016, Phan Thế Thượng biết rõ tàu kéo số hiệu SG-3745, không đảm bảo an toàn kỹ thuật, Trần Văn Giang không có bằng thuyền trưởng. Thế nhưng Thượng vẫn giao cho Giang điều khiển tàu kéo số hiệu SG-3745 đẩy sà lan số hiệu SG-5984 chờ cát từ sông Cổ Chiên thuộc địa phận tỉnh Trà Vinh đến sông Đồng Nai thuộc địa phận tỉnh Đồng Nai.
Khoảng 11 giờ 30 ngày 20-3-2016, Giang điều khiển tàu kéo số hiệu SG-3745 đẩy sà lan hiệu SG-5984 chở cát đến khu vực cầu Ghềnh thuộc địa phận TP Biên Hòa (Đồng Nai). Do Giang không biết cách đưa phương tiện qua khoảng thông thuyền của cầu Ghềnh một cách an toàn, đã để thành bên trái sà lan số hiệu SG-5984 va chạm vào mặt ngoài trụ cầu số 2. Hậu quả là cầu Ghềnh bị sập, gây thiệt hại về tài sản trị giá 21 tỉ đồng.`
Tổng Công ty đường sắt Việt Nam yêu cầu các bị cáo bồi thường thiệt hại gần 9 tỉ đồng. Cáo trạng của Viện KSND TP Biên Hòa cũng xác định Trần Văn Giang, Phan Thế Thượng và bà Nguyễn Thu Hồng (vợ Thượng) là những người liên đới phải bồi thường thiệt hại cho Tổng Công ty đường sắt Việt Nam theo quy định của pháp luật.
Trước đó, cuối năm 2017, vụ án cũng được TAND TP Biên Hòa đưa ra xét xử nhưng sau đó hoãn tòa trả hồ sơ để điều tra bổ sung.
