Tại hội nghị, vấn đề được quan tâm hàng đầu liên quan đến tài chính - ngân sách Nhà nước cấp xã; kế toán ngân sách cấp xã; mở tài khoản và thanh toán tại Kho bạc Nhà nước đối với ngân sách cấp xã; việc sắp xếp tài sản công.
Theo báo cáo của Kho bạc Nhà nước (KBNN), để đảm bảo sự chuyển đổi thuận lợi trong nội bộ hệ thống KBNN khi các đơn vị hành chính được sắp xếp, KBNN đã ban hành hàng loạt công văn hướng dẫn chi tiết.

Các văn bản đã kịp thời cung cấp nguyên tắc bàn giao tài liệu, số liệu, chuyển đổi dữ liệu, và quy trình nghiệp vụ đối với việc sắp xếp, tổ chức lại đơn vị hành chính cấp xã, giải thể đơn vị hành chính cấp huyện và thậm chí là cấp tỉnh. Điều này cho thấy sự chuẩn bị kỹ lưỡng, từ sớm, từ xa của KBNN để đảm bảo không có bất kỳ gián đoạn nào trong công tác quản lý ngân quỹ Nhà nước.
Đối với các văn bản hướng dẫn các đơn vị, địa phương, KBNN đã tích cực phối hợp với Bộ Tài chính và các đơn vị liên quan để ban hành các văn bản hướng dẫn trực tiếp các đơn vị, địa phương về những nội dung cốt lõi liên quan đến triển khai mô hình chính quyền địa phương 2 cấp.
Bên cạnh đó, KBNN cũng tháo gỡ vướng mắc từ cơ sở như đã thiết lập đường dây nóng hỗ trợ để tiếp nhận và xử lý nhanh chóng các yêu cầu về nghiệp vụ từ các địa phương. Đến nay, nhiều yêu cầu hỗ trợ từ các địa phương đã được xử lý kịp thời, tháo gỡ.
Tại hội nghị trực tuyến với địa phương, đại diện KBNN đã trực tiếp giải đáp nhiều vướng mắc cụ thể từ các địa phương, một số các nhóm vấn đề đang được quan tâm như: mở tài khoản và bố trí phụ trách kế toán cấp xã, hướng dẫn chi trả lương và các khoản thiết yếu, hướng dẫn đăng ký chữ ký đối với cơ quan tài chính cấp xã, vấn đề nhập dự toán vào hệ thống TABMIS tại cấp xã, xử lý tài khoản tiền gửi cấp huyện khi sắp xếp đơn vị hành chính.