Tuy nhiên, sự phát triển quá nhanh này bộc lộ nhiều bất cập, không kiểm soát được diện tích và chất lượng; quy trình và mật độ trồng; chưa có bộ giống chuẩn cho từng tiểu vùng; việc thu mua, chế biến, tổ chức xuất khẩu chưa tương xứng giá trị ngành hàng. Trong khi nhu cầu thế giới về hồ tiêu chỉ tăng 3%/năm nhưng diện tích hồ tiêu toàn cầu tăng 8%/năm lên gần 600.000ha so với 420.000ha năm 2013, khiến giá hồ tiêu đang xuống thấp, chỉ còn khoảng 60.000 đồng/kg, chỉ bằng 1/2 năm ngoái. Theo Bộ trưởng Nguyễn Xuân Cường, nếu không tái cơ cấu ngành hồ tiêu sẽ bị tụt hậu.
Giá hồ tiêu xuất khẩu thời gian tới sẽ còn tiếp tục đứng ở mức thấp. Vì vậy, Bộ NN-PTNT khuyến cáo không tiếp tục trồng mới, nơi nào hồ tiêu bị bệnh chết nhanh, chết chậm kiên quyết không trồng lại hồ tiêu mà chuyển qua các loại cây khác, đồng thời giảm dần diện tích hồ tiêu, nhất là những vùng không phù hợp với thổ nhưỡng hay vùng sinh thái chưa phù hợp, còn khoảng 100.000ha.