Cơ quan điều tra xác định, trong quá trình hoạt động, Công ty Chính Thảo nhiều lần nhập khẩu hàng hóa nhưng khi làm thủ tục hải quan đã khai báo gian lận để chiếm đoạt tiền thuế của Nhà nước.
Đáng chú ý, trong tháng 10-2017, Công ty Chính Thảo mở tờ khai hải quan tại Chi cục Hải quan Cảng Sài Gòn khu vực 1, khai báo hàng hóa là chế phẩm thực phẩm dạng bột, dạng thạch, dạng lỏng (không chứa cồn dùng để chế biến đồ uống, thuế nhập khẩu 15%); cốc nhựa đựng trà sữa, thuế nhập khẩu 10%; máy xay đá dùng điện, thuế nhập khẩu 25%. Tất cả hàng hóa đều có xuất xứ Đài Loan với tổng trị giá khai báo gần 370 triệu đồng. Tuy nhiên, khi kiểm tra thực tế lô hàng trên, cơ quan chức năng phát hiện có 73 mặt hàng không khai báo như sữa Ensure, cà phê nước, máy xay, pha cà phê, mặt nạ đắp mặt, sữa tắm, kem dưỡng da, kem chống nắng… Trong số này có 50 mặt hàng là hàng hóa nhập khẩu có điều kiện, trong khi Công ty Chính Thảo không đủ điều kiện để nhập khẩu các mặt hàng này. Kết quả định giá cho thấy, lô hàng không khai báo trị giá hơn 5,8 tỷ đồng.