GS. Phan Huy Lê sinh ngày 23-2-1934 tại làng Thu Hoạch, xã Thạch Châu, huyện Thạch Hà (nay là huyện Lộc Hà), tỉnh Hà Tĩnh.
Ông là hậu duệ đời thứ 14 của dòng họ Phan Huy vốn nổi danh về khoa bảng với những tên tuổi lớn như Phan Huy Cẩn, Phan Huy Ích, Phan Huy Thực, Phan Huy Vịnh, Phan Huy Chú… Cụ thân sinh ra ông là ông Phan Huy Tùng, từng làm quan trong triều đình Huế.
Giáo sư Phan Huy Lê đã qua đời trong niềm thương tiếc khôn nguôi của người thân, bạn bè, các học trò và những người yêu sử học nước nhà. GS. Phan Huy Lê được đánh giá là một trong những chuyên gia nghiên cứu lịch sử hàng đầu của Việt Nam.
Sau khi tốt nghiệp đại học, ông được giữ lại làm trợ lý tập sự tại Khoa Lịch sử, Trường Đại học Tổng hợp Hà Nội (nay là Đại học Quốc gia Hà Nội), dưới sự dẫn dắt của GS. Đào Duy Anh. Chỉ hai năm sau, ông được giao nhiệm vụ làm Chủ nhiệm bộ môn Lịch sử Việt Nam cổ - trung đại và liên tục giữ trọng trách này hàng chục năm liền.
Ngoài việc giảng dạy trong nước, ông còn tham gia giảng dạy cho nhiều trường đại học trên thế giới như Đại học Paris (Pháp), Đại học Amsterdam (Hà Lan)...
Ông liên tục là Chủ tịch Hội Khoa học Lịch sử Việt Nam khóa II (1990-1995), khóa III (1995–2000), khóa IV (2000-2005, khóa V (2005-2010) và khóa VI (2010-2015) và là chủ tịch danh dự khóa VII (2015-2020).
Ngoài ra, ông còn là ủy viên của nhiều Hội đồng Quốc gia như Hội đồng Quốc gia chỉ đạo biên soạn Từ điển Bách khoa, Hội đồng Chính sách Khoa học và Công nghệ Quốc gia, Hội đồng Lý luận Trung ương, Hội đồng Khoa học và Đào tạo Đại học Quốc gia Hà Nội, Hội đồng Học hàm Nhà nước, Hội đồng Di sản Văn hóa Quốc gia...
Ông là tác giả của hàng trăm công trình nghiên cứu có giá trị về lịch sử, trong đó có những công trình nổi bật như Chế độ ruộng đất và kinh tế nông nghiệp thời Lê Sơ, Lịch sử chế độ phong kiến Việt Nam, Khởi nghĩa Lam Sơn, Phong trào nông dân Tây Sơn, Lịch sử và văn hoá Việt Nam, Các giá trị truyền thống và con người Việt Nam hiện nay, Tìm về cội nguồn, Lịch sử Thăng Long - Hà Nội...
Theo đại diện Hội Khoa học Lịch sử Việt Nam, được các bác sĩ tận tình cứu chữa nhưng do bệnh nặng, tuổi cao, sức yếu nên GS. Phan Huy Lê đã rời cõi tạm trong sự thương tiếc khôn nguôi của người thân, bạn bè, các học trò và những người yêu sử học nước nhà.
Hiện tại công tác tổ chức tang lễ đang được gia đình, Hội Khoa học Lịch sử Việt Nam và Đại học Quốc Gia Hà Nội sắp xếp.
