Cụ thể, bảo tồn nguyên trạng 2 nhịp cầu (trong đó có 1 nhịp quay) và 1 tháp canh phía quận Thủ Đức nhằm lưu lại dấu tích của cầu đường sắt Bình Lợi, gắn với không gian sông nước để phục vụ cho việc tìm hiểu nghiên cứu khoa học về ngành đường sắt và phát triển ngành du lịch.
Đối với các kết cấu cầu Bình Lợi đề nghị bảo tồn, TP sẽ bố trí nguồn kinh phí thực hiện công tác bảo tồn và phân cấp cho cơ quan, đơn vị có chức năng thực hiện việc quản lý, duy tu, bảo dưỡng, vận hành khai thác. Bộ GTVT cần bàn giao lại cho TP quản lý phạm vi khu vực cầu đường sắt Bình Lợi cũ (phía bờ quận Bình Thạnh) sau khi hoàn thành tháo dỡ công trình để nghiên cứu xây dựng bến thủy nội địa phục vụ giao thông vận tải bằng đường thủy. Trước mắt, trong thời gian chờ phân cấp cho đơn vị chức năng thực hiện quản lý, Sở GTVT TPHCM sẽ làm đầu mối, phối hợp với Bộ GTVT thực hiện đầy đủ các thủ tục để tiếp nhận quản lý các hạng mục bảo tồn cầu đường sắt Bình Lợi nói trên.