Trước năm 2015, mặt hàng phân bón thuộc đối tượng chịu thuế GTGT với thuế suất 5%, nhưng để hỗ trợ tối đa cho nông dân và giảm giá bán, Quốc hội đã thông qua Luật số 71/2014/QH13 sửa đổi, bổ sung một số điều tại các Luật về thuế (hiệu lực thi hành từ 1-1-2015). Theo quy định tại này luật thì phân bón thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT.
Tuy nhiên, thời gian qua, Bộ Tài chính nhận được kiến nghị từ một số bộ ngành và doanh nghiệp cho rằng, việc phân bón không thuộc đối tượng chịu thuế GTGT đã gây nhiều ảnh hưởng đến đơn vị sản xuất phân bón trong nước. Các doanh nghiệp không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ mua vào, buộc phát sinh vào chi phí sản xuất, làm tăng giá thành sản xuất, khó cạnh tranh với phân bón nhập khẩu. Dự kiến, Bộ Tài chính trình Chính phủ trình Quốc hội tại kỳ họp thứ 10 Quốc hội khóa XIV tới đây về hiệu lực thi hành của nghị quyết từ ngày 1-1-2021.
