Trong đó, hầu hết vướng mắc gây ra thất thoát là việc lựa chọn phương pháp định giá, xác định giá trị thương hiệu, lợi thế kinh doanh, giá trị các khoản đầu tư tài chính, giá trị quyền sử dụng đất… Do hiện nay chưa có quy định rõ ràng nên chưa được các đơn vị áp dụng thống nhất, dẫn đến việc xác định giá trị doanh nghiệp không chính xác.
Ngoài ra, hoạt động kiểm toán đối với những doanh nghiệp thoái vốn thành công, cơ quan kiểm toán cũng chỉ ra nhiều tồn tại, hạn chế trong việc xử lý các vấn đề tài chính, xác định giá trị doanh nghiệp và giá trị phần vốn nhà nước. Thời gian tới, các cơ quan sẽ nghiên cứu, xem xét để có cách thức tổ chức kiểm toán hiệu quả hơn, chất lượng kiểm toán cao hơn; qua đó góp phần kiểm soát chặt chẽ quá trình cổ phần hóa doanh nghiệp nhà nước, chống thất thoát tài sản nhà nước khi cổ phần hóa.
