Nội dung thi là chương trình THCS và THPT hiện hành theo định hướng đánh giá năng lực tư duy và vận dụng thực tiễn của học sinh. Đối với kỳ thi học sinh giỏi lớp 12, thí sinh có thể đăng ký dự thi ở 12 môn gồm: Ngữ văn, Lịch sử, Địa lý, Toán, Vật lý, Hóa học, Sinh học, Tin học, Tiếng Anh, Tiếng Pháp, Tiếng Nhật, Tiếng Trung (môn Ngoại ngữ không có phần nghe). Đối với học sinh lớp 9, ngoài 12 môn thi như khối 12 còn có thêm 2 môn Công nghệ và Khoa học tự nhiên (môn Ngoại ngữ có phần thi nghe và môn Công nghệ không có phần thi thực hành).
Tất cả học sinh tham dự kỳ thi học sinh giỏi cấp TP phải đạt yêu cầu xếp loại học lực và hạnh kiểm học kỳ 1 năm học 2019-2020 từ khá trở lên. Mỗi trường THPT được cử tối đa 5 học sinh/môn thi, riêng các trường THPT chuyên và trường THPT có lớp chuyên được cử toàn bộ học sinh môn chuyên khối 12 dự thi. Với kỳ thi học sinh giỏi lớp 9, mỗi quận, huyện đăng ký số lượng học sinh dự thi tối đa là 15 học sinh/môn thi, riêng môn Công nghệ chỉ tối đa 10 học sinh/quận, huyện.
