Về mức thu phí sử dụng công trình kết cấu hạ tầng khu vực cửa khẩu cảng biển, thành phố dự kiến: Đối với hàng tạm nhập tái xuất, hàng gửi kho ngoại quan, hàng chuyển khẩu, loại xe container 20feet là 2,2 triệu đồng/container; xe container 40 feet là 4,4 triệu đồng/container; hàng lỏng, hàng rời không đóng trong container là 50.000 đồng/tấn.
Đối với hàng xuất, nhập khẩu: hàng hóa xuất, nhập khẩu mở tờ khai tại TPHCM, xe container 20 feet là 500.000 đồng/container; xe container 40 feet là 1 triệu đồng/container; hàng lỏng, hàng rời không đóng trong container là 30.000 đồng/tấn.
với hàng hóa xuất, nhập khẩu mở tờ khai tại TPHCM, xe container 20 feet là 250.000 đồng/container, xe container 40 feet là 500.000 đồng/container; hàng lỏng, hàng rời không đóng trong container là 15.000 đồng/tấn.
Thời gian thu phí, giai đoạn 1 từ 1-7-2021 đến hết ngày 31-7-2021, tổ chức thu phí tại cụm cảng Cát Lái thuộc quản lý, giám sát của Hải quan khu vực 1. Trong thời gian này sẽ đánh giá, rút kinh nghiệm và hoàn thiện công tác thu phí để triển khai cho các cảng còn lại trên địa bàn. Giai đoạn 2 từ ngày 1-8-2021, tổ chức thu phí cho toàn bộ cảng trên địa bàn.
Theo tính toán của Sở GTVT, mỗi năm thành phố có thể thu khoảng 3.200 tỷ đồng từ việc thu phí theo Đề án này.