Theo đó, giai đoạn 1 tập trung di dời các tuyến vận tải hành khách đi - đến từ các tỉnh Quảng Trị trở ra các tỉnh phía Bắc có hành trình chạy xe đi qua quốc lộ (QL) 1 từ Bến xe miền Đông hiện hữu (quận Bình Thạnh) ra Bến xe miền Đông mới.
Hành trình chạy xe đi và đến tại Bến xe miền Đông mới như sau: Xe xuất phát từ Bến xe miền Đông mới - QL1 (theo hướng qua cầu Đồng Nai) và ngược lại. Đối với xe đi cao tốc sẽ xuất phát từ Bến xe miền Đông mới - đường Hoàng Hữu Nam - đường D400 - QL1 - điểm quay đầu xe trước Nghĩa trang Liệt sĩ TP - QL1 - xa lộ Hà Nội - đường D1 Khu Công nghệ cao - đường D2 Khu Công nghệ cao - cầu Phú Hữu - Vành đai 2 (đường Võ Chí Công) - Vòng xoay Phú Hữu; đường cao tốc TPHCM - Long Thành - Dầu Giây - Ranh giới địa phận TPHCM - tỉnh Đồng Nai và ngược lại.
Thời gian đầu di dời, xe được đón trả khách tại Bến xe miền Đông hiện hữu trước khi Bến xe miền Đông mới hoàn tất các thủ tục xuất bến theo quy định (thời hạn tạm thời không quá 3 tháng kể từ ngày 10-10).
