Theo đại diện Bệnh viện Nhi đồng 2, bệnh viện thực hiện ca ghép gan đầu tiên từ năm 2005, với sự phối hợp của giáo sư từ Viện trường Saint Luc (Vương quốc Bỉ). Giai đoạn 2005-2009 và 2014-2018, bệnh viện thực hiện ghép gan đều đặn 1-2 ca/năm. Tuy nhiên, từ năm 2019 đến năm 2021, đại dịch Covid-19 làm gián đoạn công tác hỗ trợ của các giáo sư quốc tế, công tác ghép gan bị đình trệ.
Một lý do quan trọng khác khiến việc ghép tạng bị trì hoãn trong thời gian qua là do thiếu nguồn tạng để cấy ghép. Nguồn tạng ghép cho trẻ em rất hạn chế, đa số từ người cho trong gia đình. Tuy nhiên, không phải bệnh nhân nào cũng tìm được nguồn tạng phù hợp. Ngoài ra, để đảm bảo chuyên môn, bệnh viện cũng gặp nhiều khó khăn và mất nhiều thời gian khi tiến hành hoạt động ghép tạng. Bên cạnh đó, hiện bệnh viện là một trong những cơ sở điều trị tuyến cuối, có số lượng lớn bệnh nhân tim mạch và ngoại thần kinh cần phẫu thuật gấp.
