Cụ thể, các công ty con và công ty liên kết đều có lợi nhuận thực hiện và tỷ suất lợi nhuận/doanh thu thấp. Đặc biệt, một số công ty con trong lĩnh vực bảo trì hạ tầng đường sắt đang có hệ số nợ/vốn chủ sở hữu rất lớn, ví dụ như: Công ty cổ phần Đường sắt Thanh Hóa (7,9 lần), Công ty cổ phần Đường sắt Phú Khánh (10,2 lần), Công ty cổ phần Đường sắt Hà Ninh (6,1 lần). Điều này cho thấy, các doanh nghiệp bảo trì hạ tầng đường sắt đang gặp khó khăn lớn về tài chính, không có khả năng trả nợ và có nguy cơ phá sản doanh nghiệp, nhất là khi lãi suất ngân hàng ngày một tăng cao. Nhìn lại thực trạng hoạt động của các doanh nghiệp này có thể thấy, những khó khăn đã bộc lộ ngay từ năm 2016, khi mới thực hiện cổ phần hóa. Các doanh nghiệp vốn quen được bao cấp, chỉ thực hiện các phần việc theo kế hoạch được Tổng công ty ĐSVN giao đã rơi ngay vào tình trạng thiếu việc làm khi phải chủ động trong kinh doanh. Cho đến thời điểm hiện tại, các doanh nghiệp này vẫn chủ yếu trông chờ vào đặt hàng của công ty mẹ, trong khi do nguồn vốn hạn hẹp, phần việc đặt hàng này chỉ chiếm 55% doanh thu của các doanh nghiệp. Để duy trì hoạt động, nuôi bộ máy, các doanh nghiệp phải loay hoay tìm kiếm các công trình, dự án bên ngoài ngành. Cái khó là, do không được đầu tư, năng lực của các công ty này không thể cạnh tranh được trên thị trường.
Trước tình trạng đáng báo động này, Bộ Tài chính đã đề nghị Tổng công ty ĐSVN chỉ đạo người đại diện vốn tại các công ty con bảo trì đường sắt có hệ số nợ phải trả/vốn chủ sở hữu lớn làm rõ nguyên nhân và có biện pháp cơ cấu lại các nguồn vốn huy động để giảm hệ số nợ phải trả trên vốn chủ sở hữu đảm bảo không vượt quá 3 lần, giảm rủi ro về tài chính. Nếu Bộ GTVT không quyết liệt chỉ đạo, Tổng công ty ĐSVN không vào cuộc mạnh mẽ để xử lý tình trạng này thì nguy cơ phá sản của các doanh nghiệp là rất cao. Năng lực yếu kém của các doanh nghiệp bảo trì kết cấu hạ tầng đường sắt không chỉ góp phần làm hiệu quả kinh doanh chung của ngành đường sắt thêm đì đẹt mà còn khiến người ta lo ngại đến an toàn đường sắt trong bối cảnh hạ tầng đang ngày càng xuống cấp. Và nữa, với năng lực yếu kém, các doanh nghiệp duy tu, bảo trì kết cấu hạ tầng đường sắt sẽ thể hiện vai trò thế nào trong tương lai gần, khi dự án đường sắt tốc độ cao được xem xét, triển khai và doanh nghiệp sẽ cầm cự đến bao giờ trong bối cảnh hiện nay.
