Theo Bộ Giao thông vận tải (GTVT), việc triển khai dự án và lập trạm thu phí qua xã Thới Sơn tuân thủ đúng quy định của pháp luật, có ý kiến đồng thuận của địa phương. Hiện luồng phương tiện đi từ phía bờ Tiền Giang qua cầu Rạch Miễu đến xã Thới Sơn chủ yếu là các phương tiện giao thông phục vụ du lịch, không ảnh hưởng đến phát triển kinh tế - xã hội địa phương. Tất cả các phương tiện này đều đã sử dụng cầu Rạch Miễu nên phải trả phí sử dụng dịch vụ đường bộ.
Việc không thu phí đối với các phương tiện này sẽ tạo ra sự không công bằng giữa các phương tiện cùng đi qua cầu và các phương tiện đi thẳng có thể khiếu nại.
Về mặt tài chính, nếu bỏ trạm thu sẽ làm ảnh hưởng đến doanh thu dự án theo hợp đồng. Do vậy, Bộ GTVT đề nghị giữ nguyên trạm thu phí qua xã Thới Sơn như đã ký cam kết với nhà đầu tư.
Về phản ánh luồng phương tiện đi từ phía bờ Tiền Giang qua cầu chính đến xã Thới Sơn dừng trả khách ở gần cầu Rạch Miễu và quay đầu không qua trạm, gây ùn tắc cục bộ, tiềm ẩn nguy cơ mất an toàn giao thông trên cầu Rạch Miễu, Bộ GTVT cho rằng, việc dừng, đón trả khách ở lần chờ cầu Rạch Miễu là hành vi vi phạm Luật Giao thông đường bộ, Bộ GTVT đề nghị UBND tỉnh Tiền Giang chỉ đạo lực lượng công an xử lý nghiêm minh. Bộ GTVT sẽ giao Tổng cục Đường bộ Việt Nam chỉ đạo lực lượng Thanh tra phối hợp.
