Theo đó, tại đảo làm thủ tục hàng không B, những hành khách cần trợ giúp đến quầy B1; phục vụ các chuyến bay đi Hà Nội có 8 quầy từ B2 đến B9; làm thủ tục ký gửi hành lý cho khách đã tự làm thủ tục trên website, ứng dụng di động và máy tự động có 3 quầy từ B10 đến B12.
Tai đảo làm thủ tục hàng không C có quầy phục vụ khách thương gia, khách Bông Sen Vàng và khách VIP
Đảo làm thủ tục hàng không D có 5 quầy từ D3 đến D8 phục vụ các chuyến bay đi Thanh Hóa
Đảo làm thủ tục hàng không G sẽ phục vụ các chuyến bay đi Vinh
Đảo làm thủ tục hàng không H sẽ phục vụ các chuyến bay đi Đồng Hới, Vân Đồn, Chu Lai
Đảo làm thủ tục hàng không A sẽ phục vụ các chuyến bay nội địa khác
Hiện nhà ga nội địa sân bay Tân Sơn Nhất đang có 10 máy kiosk check-in, trong đó 6 máy tại vị trí giữa đảo làm thủ tục hàng không B và đảo làm thủ tục hàng không C và 4 máy phía bên ngoài trước cửa vào nhà ga.
Đối với khu vực soi chiếu an ninh của sân bay, tại khu vực tại tầng 1, gần đảo làm thủ tục hàng không G, H có 2 cổng soi chiếu; gần đảo làm thủ tục hàng không C, D có 2 cổng soi chiếu. Khu vực tầng 2 có 9 cổng soi chiếu.
Vietnam Airlines khuyến nghị hành khách làm thủ tục trực tuyến trên trang web, ứng dụng di động hoặc kiosk của hãng. Sau khi tự làm thủ tục, các hành khách không có hành lý ký gửi có thể đi thẳng đến cửa an ninh. Khách hàng lưu ý cầm sẵn vé, giấy tờ tùy thân khi làm thủ tục và soi chiếu, cất trang sức, điện thoại, ví tiền, đồng hồ... vào túi, ba lô, cởi sẵn dây lưng, giầy (không để vật kim loại trong túi quần, áo) để soi chiếu được nhanh chóng.
Vietnam Airlines cũng lưu ý hành khách nên có mặt tại sân bay trước giờ khởi hành chuyến bay nội địa ít nhất 2-3 giờ. Quầy làm thủ tục sẽ kết thúc nhận khách 40 phút trước giờ khởi hành, còn cửa lên máy bay sẽ đóng 15 phút trước giờ khởi hành.