Theo cáo trạng, lợi dụng nhiệm vụ, quyền hạn trong 3 lĩnh vực liên quan tới cấp giấy phép an toàn thực phẩm, từ năm 2018 đến 2024, Nguyễn Thanh Phong cùng 33 bị can nguyên là lãnh đạo, cán bộ, chuyên viên của Cục An toàn thực phẩm và một số cá nhân liên quan đã nhận hối lộ của các bị can là các cá nhân, doanh nghiệp. Trong đó, cơ quan chức năng xác định tổng số tiền nhận hối lộ trong hoạt động cấp giấy tiếp nhận là gần 94 tỷ đồng; trong việc cấp giấy xác nhận là hơn 12,7 tỷ đồng; trong việc cấp GMP là hơn 1 tỷ đồng.
Cơ quan công tố cũng cáo buộc, bị can Nguyễn Thanh Phong trong thời gian trên phạm vào hành vi nhận hối lộ và phải chịu trách nhiệm số tiền nhận hối lộ là hơn 94 tỷ đồng. Bị can này được hưởng lợi gần 44 tỷ đồng.
Cũng theo cáo trạng, Nghị định 15 về việc hướng dẫn thi hành Luật An toàn thực phẩm quy định, hồ sơ đăng ký công bố sản phẩm phải có các bằng chứng khoa học chứng minh công dụng của sản phẩm hoặc thành phần tạo nên công dụng. Khi sử dụng bằng chứng khoa học thì liều sử dụng hàng ngày của sản phẩm tối thiểu phải lớn hơn hoặc bằng 15% lượng sử dụng thành phần đó; nhưng hồ sơ đăng ký công bố sản phẩm của doanh nghiệp thường không đạt, phải sửa đổi nội dung, cung cấp bổ sung nhiều lần.
Do đó, để tránh việc công bố sản phẩm bị kéo dài, dẫn đến không thể sản xuất, đưa sản phẩm ra lưu thông ngoài thị trường, nhiều đơn vị, cá nhân khi làm hồ sơ công bố sản phẩm đã chủ động liên hệ, đề nghị đưa tiền từ 5 đến 10 triệu đồng/hồ sơ (trung bình là 7 triệu đồng/hồ sơ) ngoài lệ phí phải nộp cho các chuyên viên để được đẩy nhanh quá trình thẩm định, sớm được cấp giấy tiếp nhận.
Những chuyên viên này sau đó báo cáo cấp trên và ông Nguyễn Thanh Phong để được đồng ý chủ trương cho phép nhận tiền. Cáo trạng nêu, các đối tượng cũng thống nhất chủ trương chia tiền đã nhận theo cơ chế: Nguyễn Thanh Phong được chia từ 2,5 đến 3 triệu đồng/hồ sơ (đối với hồ sơ do Trung tâm Ứng dụng và Đào tạo an toàn thực phẩm thẩm xét), từ 1 đến 1,5 triệu đồng/hồ sơ (đối với hồ sơ do Phòng Tiêu chuẩn và Kiểm nghiệm thẩm xét), từ 1,5 đến 2 triệu đồng/hồ sơ (đối với hồ sơ do Phòng Quản lý sản phẩm thực phẩm thẩm xét).
Còn với trường hợp do Phó Cục trưởng Cục An toàn thực phẩm trực tiếp ký thì phó cục trưởng sẽ nhận từ 1,5 đến 2 triệu đồng/hồ sơ; lúc này, ông Nguyễn Thanh Phong chỉ còn được nhận 1 đến 1,5 triệu đồng/hồ sơ.
Cơ quan công tố cũng làm rõ, trong vụ án, cấp trưởng phòng, giám đốc trung tâm nhận từ 1 đến 1,5 triệu đồng/hồ sơ; phó trưởng phòng, phó giám đốc trung tâm nhận từ 500.000 đến 1 triệu đồng/hồ sơ; chuyên viên thẩm xét cấp 1 và 2 nhận từ 300.000 đến 1 triệu đồng/hồ sơ.
Sau khi được lãnh đạo Cục An toàn thực phẩm đồng ý chủ trương trên, các lãnh đạo phòng và trung tâm đã trao đổi để các chuyên viên thống nhất thực hiện.
Trong quá trình thẩm xét hồ sơ, các chuyên viên đã thỏa thuận, đề nghị các cá nhân đưa cho các chuyên viên từ 5 đến 10 triệu đồng/hồ sơ để được cấp giấy tiếp nhận (có thể đưa trước hoặc sau khi được cấp giấy tiếp nhận). Số tiền nhận được, chuyên viên sẽ giữ lại từ 1 đến 1,5 triệu đồng/hồ sơ; số tiền còn lại được chuyển về cho lãnh đạo phòng, trung tâm để tập hợp đưa cho Nguyễn Thanh Phong và các lãnh đạo cục được phân công ký giấy tiếp nhận.
Cáo trạng còn xác định, đối với ông Nguyễn Thanh Phong, cứ 2 đến 3 tuần, các lãnh đạo phòng và trung tâm lại mang tiền đến cho Phong kèm theo danh sách các doanh nghiệp đưa tiền. Theo cáo buộc, từ ngày 2-2-2018 đến 31-12-2024, trong quá trình thẩm xét hồ sơ đăng ký công bố sản phẩm, 24 chuyên viên của Cục An toàn thực phẩm đã trực tiếp nhận tổng số tiền hơn 91,2 tỷ đồng.
