Có rủi ro không đồng nghĩa “không được hoàn thuế”
Một trong những nội dung được Cục Thuế nhấn mạnh là cảnh báo rủi ro không đồng nghĩa với kết luận doanh nghiệp không được hoàn thuế. Theo đó, thông tin cảnh báo rủi ro về người bán, hóa đơn hoặc một chủ thể trong chuỗi cung ứng chỉ phục vụ công tác quản lý rủi ro, rà soát và xác minh; không phải là căn cứ mặc nhiên để kết luận giao dịch không có thật, hóa đơn không hợp pháp hoặc doanh nghiệp không đủ điều kiện hoàn thuế.
Thời gian qua, nhiều doanh nghiệp kiến nghị phần hồ sơ đủ điều kiện cần được giải quyết trước, còn phần có dấu hiệu rủi ro thì tách riêng để tiếp tục xác minh. Một trong những vướng mắc được doanh nghiệp phản ánh nhiều là việc xác minh chuỗi nhà cung cấp F1, F2, F3… Theo phản ánh, chỉ cần một mắt xích trong chuỗi cung ứng được xác định có rủi ro thì việc hoàn thuế sẽ bị kéo dài hoặc phải loại trừ các hóa đơn liên quan.
Theo hướng dẫn mới, trường hợp người bán, nhà cung cấp F2 hoặc chủ thể khác trong chuỗi cung ứng bị cảnh báo rủi ro về hóa đơn, ngừng hoạt động, không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký, giải thể hoặc đang làm thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế chỉ là thông tin để cơ quan thuế đánh giá rủi ro và xác minh khi cần thiết. Đây không phải là căn cứ để kết luận doanh nghiệp không được hoàn thuế hoặc phải hoàn trả số thuế GTGT đã được hoàn.
Cơ quan thuế sẽ xem xét hồ sơ trên cơ sở hóa đơn, chứng từ, tính hợp pháp và tính có thật của giao dịch, cùng việc doanh nghiệp đáp ứng các điều kiện hoàn thuế tại kỳ hoàn thuế và thời điểm phát sinh giao dịch.
Đối với số thuế GTGT đã hoàn, việc thu hồi chỉ thực hiện khi có căn cứ từ kết quả kiểm tra, xác minh hoặc kết luận của cơ quan có thẩm quyền xác định doanh nghiệp không đáp ứng điều kiện hoàn thuế hoặc có hành vi vi phạm theo quy định.
Cục Thuế lưu ý doanh nghiệp
Kê khai trung thực, đầy đủ; chủ động kiểm tra, rà soát thông tin của người bán và các thông tin liên quan đến giao dịch. Lưu giữ đầy đủ hồ sơ, tài liệu chứng minh tính hợp pháp, tính có thật của giao dịch và điều kiện hoàn thuế. Chủ động phối hợp với cơ quan thuế; khi nhận được thông báo, doanh nghiệp thực hiện giải trình, bổ sung.
Doanh nghiệp mong thực hiện thống nhất
Nhiều doanh nghiệp đánh giá tích cực hướng dẫn mới nhưng vẫn chờ cách triển khai trong thực tế. Trong nhiều buổi đối thoại thời gian qua, doanh nghiệp liên tục phản ánh những khó khăn, vướng mắc trong quá trình hoàn thuế, trong đó có trường hợp hồ sơ bị kéo dài do nhà cung cấp F2 bị cảnh báo rủi ro.
Theo lý giải của cơ quan thuế, việc tạm dừng xử lý đối với các hóa đơn có dấu hiệu rủi ro nhằm bảo vệ ngân sách nhà nước, đồng thời hạn chế rủi ro pháp lý cho doanh nghiệp khi mua phải hóa đơn của đơn vị có dấu hiệu vi phạm. Khi có kết quả xác minh, cơ quan thuế sẽ thông báo để doanh nghiệp tiếp tục khấu trừ hoặc hoàn thuế theo quy định.
Ông Nguyễn Chánh Phương, Phó Chủ tịch Hội Mỹ nghệ và Chế biến gỗ TPHCM (HAWA), nhận định, hướng dẫn mới có tác động tích cực đối với doanh nghiệp ngành gỗ, nhất là các hồ sơ bị kéo dài do cảnh báo rủi ro phát sinh tại một mắt xích trong chuỗi cung ứng.
Theo hướng dẫn mới này, rủi ro tại nhà cung cấp F2, F3 và các cấp tiếp theo không phải là căn cứ độc lập để chuyển toàn bộ hồ sơ sang kiểm tra trước hoàn, từ chối hoàn hoặc thu hồi số thuế đã hoàn.
HAWA sẽ tiếp tục tổng hợp các trường hợp vướng mắc của hội viên để kiến nghị cơ quan thuế rà soát, xử lý theo nội dung Công văn 6939. Doanh nghiệp cũng đang theo dõi cách triển khai tại các địa phương và mong hướng dẫn được thực hiện thống nhất, giúp việc hoàn thuế diễn ra kịp thời, thuận lợi hơn.
Về phía cơ quan thuế, ông Nguyễn Tiến Dũng, Phó Trưởng Thuế TPHCM, khẳng định, Thuế TPHCM đã nhanh chóng triển khai hướng dẫn mới đến các phòng, đơn vị, cán bộ, công chức thuế để thống nhất thực hiện, góp phần nâng cao hiệu quả công tác hoàn thuế GTGT cho doanh nghiệp.
Đến hết tháng 8-2026, Thuế TPHCM đã:
* Ban hành hơn 3.300 quyết định hoàn thuế.
* Tổng số tiền hoàn thuế hơn 29.500 tỷ đồng.
* Giảm 1/3 số hồ sơ trễ hạn so với thời điểm tồn đọng nhiều hồ sơ nhất trong năm 2025.
Nguồn: Thuế TPHCM