Theo đó, Sở Y tế yêu cầu tại khoa khám bệnh, khoa cấp cứu và các đơn vị điều trị trong ngày cần thực hiện khai báo y tế điện tử, tổ chức phân luồng, sàng lọc đối với tất cả người bệnh khi đến khám bệnh tại các cơ sở y tế theo đúng quy định của Bộ Y tế, chú ý khai thác các triệu chứng, kịp thời phát hiện các trường hợp nghi ngờ mắc Covid-19 để làm xét nghiệm nhanh kháng nguyên SARS-CoV-2.
Đối với trường hợp cấp cứu: ưu tiên can thiệp cấp cứu người bệnh (tại buồng cấp cứu sàng lọc), sau khi người bệnh ổn định cần xem xét chỉ định làm xét nghiệm nhanh kháng nguyên nếu có triệu chứng nghi ngờ.
Đối với các trường hợp cần can thiệp thủ thuật, phẫu thuật tại khu vực điều trị ngoại trú, điều trị ban ngày (phẫu thuật trong ngày, chạy thận nhân tạo, kỹ thuật có tạo khí dung, khám thăm dò chức năng hô hấp, nội soi dạ dày; khám chữa bệnh răng miệng...), có chỉ định làm xét nghiệm nhanh kháng nguyên để quyết định nơi thực hiện thủ thuật, phẫu thuật phù hợp.
Đối với người bệnh có chỉ định nhập viện: thực hiện xét nghiệm nhanh kháng nguyên hoặc xét nghiệm RT-PCR (mẫu đơn hoặc mẫu gộp không quá 10) cho người bệnh và người chăm sóc đi kèm trước khi nhập viện.
Trong thời gian chờ kết quả xét nghiệm, người bệnh được điều trị ngay theo phác đồ tại khu cách ly tạm của khoa khám bệnh hoặc buồng cách ly của khoa lâm sàng.
Đối với trường hợp người bệnh cần can thiệp thủ thuật, phẫu thuật tại các khu vực điều trị ngoại trú, điều trị ban ngày hoặc có chỉ định nhập viện, nếu người bệnh và người chăm sóc đã có kết quả xét nghiệm SARS-CoV-2 âm tính còn hiệu lực (trong vòng 72 giờ kể từ thời điểm lấy mẫu) và không có triệu chứng nghi ngờ mắc Covid-19 thì không cần làm xét nghiệm lại.
Tại khu vực điều trị nội trú và các khoa, phòng khác thực hiện xét nghiệm RT-PCR mẫu đơn hoặc xét nghiệm nhanh kháng nguyên ngay khi phát hiện nhân viên, người lao động, người bệnh, người chăm sóc có triệu chứng nghi ngờ (sốt, ho, đau họng, mất khứu giác, mất vị giác...).
Thực hiện xét nghiệm RT-PCR mẫu đơn cho tất cả các trường hợp viêm phổi diễn tiến nhanh, suy hô hấp không giải thích được.
Thực hiện xét nghiệm tất cả nhân viên y tế thường xuyên tiếp xúc với người bệnh Covid-19, nhân viên xử lý mẫu bệnh phẩm, xử lý đồ vải, rác thải lây nhiễm, nhân viên các khoa phòng, bộ phận có nguy cơ cao (khoa cấp cứu; khoa hồi sức; khoa truyền nhiễm; khoa hô hấp; khoa thận nhân tạo; khoa khám bệnh; bộ phận giám sát, sàng lọc,...) bằng kỹ thuật xét nghiệm RT-PCR mẫu gộp 10 mỗi 7 ngày.
Thực hiện xét nghiệm cho ít nhất 20% nhân viên các khoa lâm sàng còn lại và nhân viên hành chính bằng kỹ thuật xét nghiệm RT-PCR mẫu gộp 10, mỗi 07 ngày. Trong thời gian điều trị nội trú, định kỳ thực hiện xét nghiệm RT-PCR mẫu gộp 10 mỗi 7 ngày cho ít nhất 20% người bệnh và người chăm sóc.
Sở Y tế TPHCM lưu ý, khi có kết quả xét nghiệm nhanh kháng nguyên dương tính phải lấy mẫu làm xét nghiệm RT-PCR để khẳng định. Trường hợp mẫu gộp RT-PCR có kết quả dương tính thì giải gộp bằng xét nghiệm nhanh kháng nguyên hoặc RT-PCR mẫu đơn.
Đối với các cơ sở y tế chưa có thực hiện RT-PCR thì liên hệ và gửi mẫu đến các phòng xét nghiệm khẳng định đã được Bộ Y tế công bố. Sau khi làm xét nghiệm theo hướng dẫn trên, nếu phát hiện chùm ca bệnh ở khu vực phòng khám hoặc phát hiện trường hợp dương tính với SARS-CoV-2 ở người bệnh viêm phổi, đơn vị phải báo cáo nhanh về HCDC và Phòng Nghiệp vụ Y (Sở Y tế).