Đồng thời, Chủ tịch UBND TP giao Sở Quy hoạch - Kiến trúc hướng dẫn đơn vị tư vấn lập phương án cải tạo, chỉnh trang công viên Bến Bạch Đằng cần khảo sát kỹ, đề xuất xử lý các kết cấu, công trình hiện hữu xâm lấn sông Sài Gòn, báo cáo rõ những công trình hiện hữu đề xuất giữ lại và các công trình cần tháo dỡ trong công viên Bến Bạch Đằng, khẩn trương lập dự toán chi phí đầu tư xây dựng cải tạo.

Chức năng ban đầu của Cột cờ là làm cột tín hiệu cho tàu bè ra vào luồng lạch khu vực Sài Gòn – Gia Định. Cùng với Bến Nhà Rồng, Bến Bạch Đằng và Cầu Mống, Cột cờ Thủ Ngữ là một yếu tố quan trọng tạo nên một quần thể lịch sử - văn hóa đặc trưng, đồng thời là nhân chứng cho quá trình phát triển của đô thị TPHCM.

Công trình qua nhiều lần trùng tu, thay đổi công năng, đến nay đang bị xuống cấp nghiêm trọng. Nền gạch, tường bị bong tróc, thấm nhiều. Trần thạch cao đã vỡ một mảng lớn. Cửa ra vào và cửa sổ đã bị mối mọt, hư hỏng, mái bị thấm và xuống cấp. Phần gỗ ốp chân cột ở tầng trệt bị hư hại, phần cột ở tầng hai bị khoan thủng.

Chủ tịch UBND TP đã thống nhất chọn phương án phục hồi công trình, giữ nguyên hình thức kiến trúc Cột cờ và thực hiện một số thay đổi cần thiết về cấu trúc và kiến trúc công trình dưới chân cột cờ, nhưng vẫn đảm bảo bảo tồn các yếu tố đặc trưng mang tính lịch sử và kiến trúc.

Việc cải tạo công trình Cột cờ Thủ Ngữ cũng sẽ được thực hiện cùng với việc cải tạo công viên tại Cột cờ, theo hướng tăng không gian động, tạo một quảng trường nhỏ trước cột cờ để người dân có thêm không gian sinh hoạt, và là nơi diễn ra các hoạt động công cộng. Ngoài ra, công viên này sẽ tăng tính kết nối với Công viên Bến Bạch Đằng, công viên hầm vượt sông Sài Gòn.