Lý do công ty này có hành vi tổ chức thi công công trình không có giấy phép xây dựng tại dự án KDL Hòn Tằm trên vịnh Nha Trang do công ty làm chủ đầu tư. Ngoài ra, UBND TP Nha Trang yêu cầu trong thời hạn 60 ngày kể từ ngày lập biên bản vi phạm hành chính, Công ty CP Hòn Tằm biển Nha Trang phải làm thủ tục đề nghị cơ quan có thẩm quyền cấp giấy phép xây dựng. Hết thời hạn này, Công ty CP Hòn Tằm biển Nha Trang không xuất trình giấy phép xây dựng thì bị áp dụng biện pháp buộc tháo dỡ công trình vi phạm theo quy định.
Trước đó, đoàn kiểm tra liên ngành của Thanh tra Sở TN-MT, Sở Xây dựng, Ban Quản lý vịnh Nha Trang và Phòng Quản lý đô thị TP Nha Trang tỉnh Khánh Hòa tiến hành kiểm tra những vấn đề liên quan đến đất đai, môi trường, xây dựng và việc thực hiện theo quy định của pháp luật tại dự án KDL đảo Hòn Tằm.
Qua kiểm tra thực tế, phát hiện Công ty CP Hòn Tằm biển Nha Trang đã tự ý san ủi mặt bằng và xây dựng các hạng mục công trình bê tông cốt thép tại dự án KDL Hòn Tằm nhưng không có giấy phép xây dựng, một số hạng mục không có trong quy hoạch chi tiết 1/500 của KDL Hòn Tằm được UBND tỉnh Khánh Hòa cho phép điều chỉnh năm 2018.
Bên cạnh đó, việc xây dựng các công trình tại KDL Hòn Tằm đã làm đất đá trong quá trình san lấp tràn xuống biển, ảnh hưởng nghiêm trọng đến hệ sinh thái vùng biển khu vực này.
