Theo đó, qua thanh tra, Thanh tra Chính phủ đã phát hiện hàng loạt sai phạm của Trường Đại học Nông lâm TPHCM như: không có phương án sắp xếp sử dụng nhà đất theo quy định; giao cấp đất trái thẩm quyền, sai quy định; công tác quản lý không chặt chẽ, công tác quản lý địa chính bị buông lỏng.
Trong đó, một trong những sai phạm đáng chú ý là trường đã để xảy ra tình trạng lấn chiếm ở 3 khu vực, trong đó có khu vực người dân sử dụng đất đã hình thành nên một khu phố, nhưng việc xử lý thiếu kiên quyết, không đồng bộ, từ đó dẫn đến tình trạng khiếu kiện kéo dài và không thể giải quyết dứt điểm.
Kể từ năm 1990, khi được giao đất cho đến nay, trường chưa trình duyệt được quy hoạch chi tiết về sử dụng đất cũng như quy hoạch chi tiết xây dựng phát triển không gian. Các dự án đầu tư mang tính riêng lẻ, không thể hiện sự kết nối trên tổng thể giữa Trường Đại học Nông lâm TPHCM với Trường ĐHQG TPHCM và các dự án hạ tầng của địa phương. Điều này không chỉ gây khó khăn cho công tác quản lý mà còn tiềm ẩn sự lãng phí nguồn vốn đầu tư và đất đai.
Thanh tra Chính phủ cũng kết luận, trường giao đất cho 25 trường hợp là cán bộ, công nhân viên không đúng quy định. Sau giao đất không tiến hành quản lý để xảy ra tình trạng lấn chiếm, xây dựng không phép của các hộ, tách hộ, trách nhiệm thuộc về hiệu trưởng và giám đốc ĐHQG TPHCM qua các thời kỳ.
Ngoài ra, Trường Đại học Nông lâm TPHCM đã để xảy ra tình trạng tự ý giao đất để làm trạm biến thế điện, hiện tại chưa hoàn tất các thủ tục. Tạm giao hơn 6.000m² đất hành lang đường xuyên Á không có căn cứ pháp lý, không có quy định pháp lý về tạm giao đất. Công tác quản lý địa chính không chặt chẽ, dẫn đến không theo dõi được tình hình biến động đất đai, thực trạng sử dụng đất; cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất chồng lấn.
Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo Bộ GD-ĐT chỉ đạo trường các nội dung, trong đó có việc xử lý các trường hợp liên doanh, liên kết theo quy định. Đồng thời, kiến nghị Hiệu trưởng Trường Đại học Nông lâm TPHCM khẩn trương tiến hành các biện pháp khắc phục: phân loại xử lý nhà đất theo quy định; thu hồi, giải tỏa đối với khu đất cấp cho cán bộ, công nhân viên theo quy định; thu hồi, giải tỏa đối với khu vực hành lang dọc đường ống nước thô Hóa An - Thủ Đức… và một số kiến nghị khác.
