Nguyên nhân, các hồ sơ rút vốn sai, thiếu thủ tục như đơn đề nghị rút vốn các khoản chi không đúng chế độ; chi tư vấn quản lý dự án, thực hiện dự án, chi mua ô tô khi chưa được Thủ tướng Chính phủ cho phép; tạm ứng khi chưa có quyết định giao dự toán vốn…
Do vậy, các đơn vị phải bổ sung, giải trình hồ sơ, dẫn đến thời gian xử lý đơn rút vốn bị kéo dài. Ngoài ra, còn có trường hợp chủ dự án chậm báo cáo tất toán các khoản tạm ứng từ tài khoản đặc biệt với nhà tài trợ, ảnh hưởng đến chỉ số giải ngân chung.Việc chậm làm thủ tục giải ngân rút vốn ảnh hưởng lớn đến tiến độ giải ngân vốn đầu tư công.
Do vậy, Bộ Tài chính kiến nghị Thủ tướng Chính phủ yêu cầu các chủ đầu tư chủ động phối hợp với cơ quan có liên quan, khi có khối lượng hoàn thành cần làm ngay thủ tục kiểm soát chi, gửi đơn rút vốn để Bộ Tài chính kịp thời gửi nhà tài trợ.