Chùa Linh Sơn là một trong quần thể văn hóa cổ của nước Phù Nam xa xưa với nền văn hóa Óc Eo rực rỡ. Từ tháng 8-2017 đến nay, sau một thời gian tổ chức khai quật khảo cổ học vả bảo quản hiện trường tại chùa Linh Sơn, Viện Khảo cổ học đã hoàn thành xây dựng 15 cột mốc tọa độ lưới di tích, khai quật được 2 hố, một hố rộng 140,8m2 và một hố rộng 144,42m2.
Kết quả khai quật, nghiên cứu cho thấy trên tổng thể các hố khai quật, ngoài lớp đất mặt và lớp sinh thổ, xác định có 5 lớp văn hóa thuộc về 5 thời kỳ khác nhau phát triển liên tục, kế thừa trên một địa điểm. Các lớp văn hóa này có niên đại trải dài khoảng từ thế kỷ thứ II đến thế kỷ thứ XII trở về sau.
Trong 2 hố khai quật, thu được 20 ngàn mẫu gồm: vật liệu kiến trúc (gạch ngói các loại), đồ gồm sinh hoạt (nồi, bát đĩa…), di vật đá (mảnh tượng bằng đá sa thạch)…
Khi tiến hành phân loại, chỉnh lý và lập hồ sơ khoa học, kết quả nghiên cứu cụ thể về di vật sẽ cung cấp cứ liệu khoa học giá trị, phục vụ cho việc đánh giá giá trị lịch sử văn hóa của khu di tích.
Bước đầu dựa trên kết quả khai quật, có thể nhận diện được các di vật có niên đại kéo dài từ khoảng thế kỷ I trước Công nguyên đến sau thế kỷ XII.
Kết quả trên là những tư liệu khoa học cơ bản làm tiền đề cho việc nghiên cứu hệ thống di tích văn hóa Óc Eo trong thời gian tới.
