Theo Điều 7 Luật Khiếu nại 2011, trình tự khiếu nại QĐHC được thực hiện như sau: Khi khiếu nại lần đầu, người khiếu nại gửi khiếu nại đến người đã ra QĐHC. Trường hợp người khiếu nại không đồng ý với quyết định giải quyết khiếu nại lần đầu, hoặc quá thời hạn quy định mà khiếu nại không được giải quyết, thì có quyền khiếu nại lần hai đến thủ trưởng cấp trên trực tiếp của người có thẩm quyền giải quyết khiếu nại lần đầu. Quyết định giải quyết khiếu nại lần hai sẽ kết thúc quy trình khiếu nại, đồng nghĩa với việc công dân không thể thực hiện tiếp quyền khiếu nại nếu đã có quyết định giải quyết khiếu nại lần hai. Nếu người khiếu nại vẫn không đồng ý với quyết định giải quyết khiếu nại lần hai, thì phải khởi kiện vụ án hành chính theo quy định của Luật Tố tụng hành chính. Riêng QĐHC của Bộ trưởng, thủ trưởng cơ quan ngang bộ, thủ trưởng cơ quan thuộc Chính phủ không thể thực hiện khiếu nại lần hai. Thời hiệu khiếu nại là 90 ngày, kể từ ngày nhận được hoặc biết được QĐHC. Việc khiếu nại thực hiện sau thời hạn đó sẽ không được giải quyết.
Người bị QĐHC xâm phạm quyền, lợi ích hợp pháp có thể lựa chọn giữa việc khiếu nại hoặc khởi kiện. Tuy nhiên, việc khiếu nại và khởi kiện không được thực hiện đồng thời. Trong trường hợp người khởi kiện có đơn khởi kiện vụ án hành chính tại Tòa án có thẩm quyền, đồng thời có đơn khiếu nại đến người có thẩm quyền giải quyết khiếu nại, thì Tòa án sẽ yêu cầu người khởi kiện lựa chọn một trong hai cơ quan giải quyết. Tòa án sẽ không giải quyết khiếu kiện các QĐHC thuộc phạm vi bí mật nhà nước trong các lĩnh vực quốc phòng, an ninh, ngoại giao theo quy định của pháp luật; các quyết định của tòa án trong việc áp dụng biện pháp xử lý hành chính, xử lý hành vi cản trở hoạt động tố tụng; và các QĐHC mang tính nội bộ của cơ quan, tổ chức.
Đơn khởi kiện phải có những nội dung sau: ngày, tháng, năm làm đơn; Tòa án được yêu cầu giải quyết vụ án hành chính; tên, địa chỉ, số điện thoại, địa chỉ email (nếu có) của người khởi kiện, người bị kiện, người có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan; nội dung QĐHC; nội dung quyết định giải quyết khiếu nại (nếu có); yêu cầu đề nghị tòa án giải quyết; cam đoan về việc không đồng thời khiếu nại đến người có thẩm quyền giải quyết khiếu nại. Ngoài ra, công dân chỉ có thể thực hiện được quyền khởi kiện QĐHC nếu khởi kiện trong thời hạn luật định, cụ thể là 1 năm kể từ ngày nhận được hoặc biết được QĐHC đó.
