Trong quá trình thực hiện, địa phương đã sớm nhận diện các vấn đề vướng mắc, đó là: tổ kiểm tra, xác minh của xã Bình Sơn (huyện Long Thành) là những người mới được phân công chuyển đến địa phương nên chưa nắm rõ tình hình địa phương; các trường hợp tặng cho, chuyển nhượng hầu hết là người địa phương khác nên việc mời gặp khó khăn; chủ đất không nắm rõ ranh giới nên tốn thời gian đo đạc xác định ranh giới, vị trí thửa đất; có trường hợp chủ sử dụng đất đi làm nên tổ xác minh mất thời gian chờ đợi; nhiều trường hợp các chủ đất tặng cho, chuyển nhượng một phần hoặc toàn bộ diện tích đất bằng giấy tay.
Bên cạnh đó, việc xây dựng nhà ở và công trình phụ không xác định được thời điểm xây dựng và không có hồ sơ lưu trữ biên bản xử lý, xử phạt chủ yếu dựa vào lời khai của các chủ sử dụng đất và trưởng ấp, nên công tác xác minh chưa sát với thực tế.
Để giải quyết các khó khăn trên, tỉnh đã tăng cường 100 cán bộ từ các sở, ban, ngành về huyện Long Thành, đặc biệt là xã Bình Sơn để lập các tổ công tác, thực hiện công tác xử lý hành chính cũng như công tác đo đạc, kiểm đếm, áp giá đền bù. Trong quá trình thực hiện, tỉnh đã lên lịch thời gian cụ thể và tập trung tối đa cho công tác giải phóng mặt bằng khu vực ưu tiên, sau đó tập trung cho giai đoạn còn lại để xử lý xong việc áp giá đền bù trong năm 2020. Quá trình thực hiện, cả hệ thống chính trị ở địa phương đã vào cuộc rất tích cực, trách nhiệm và các phương án bồi thường, hỗ trợ đều được công khai nên nhận được sự ủng hộ, hợp tác tích cực của người dân. Đồng thời, các hộ tự nguyện bàn giao mặt bằng sớm đều được khen thưởng cũng tạo phản ứng tích cực dây chuyền cho các hộ còn lại.
Ngày 20-10-2020, UBND tỉnh Đồng Nai đã tổ chức lễ bàn giao mặt bằng giai đoạn 1 dự án sân bay Long Thành. Ngoài 1.810ha thuộc phạm vi xây dựng sân bay giai đoạn 1, Đồng Nai còn bàn giao thêm cho Bộ GTVT khoảng 779ha thuộc giai đoạn 2 của dự án - vượt mức kế hoạch cam kết với Chính phủ và đây là dấu mốc quan trọng của dự án. Đến cuối tháng 12-2020, UBND huyện Long Thành đã hoàn thành công tác kiểm kê, đo đạc đối với toàn bộ diện tích 5.000ha phục vụ xây dựng sân bay Long Thành và đầu năm 2021, tỉnh sẽ tiếp tục hoàn thiện các thủ tục và bàn giao diện tích còn lại của dự án.
Theo Phó Chủ tịch UBND huyện Long Thành Lê Văn Tiếp, đến nay huyện đã thực hiện chi trả 10 đợt cho 1.800 hộ dân có đất bị thu hồi làm dự án sân bay, với tổng số tiền hơn 4.300 tỷ đồng và dự kiến sẽ hoàn thành việc chi trả trong quý 1-2021.
