Theo đó, Viện Kiểm sát nhân dân tối cao truy tố 27 bị can về tội “Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng”, trong đó có 5 bị can thuộc Công ty Thuận An, gồm: Nguyễn Duy Hưng (cựu Chủ tịch HĐQT), Trần Anh Quang (cựu Tổng Giám đốc), Nguyễn Khắc Mẫn (cựu Phó Tổng Giám đốc), Nguyễn Ngọc Hòa (Phó Chủ tịch HĐQT, Chủ tịch HĐQT Công ty 168 Việt Nam), Hoàng Thị Lê Hạnh (Trưởng phòng).
Cùng với đó là 5 bị can thuộc Ban Quản lý dự án Bắc Giang (cũ); 3 bị can thuộc Ban Quản lý dự án Tuyên Quang (cũ); 6 bị can thuộc Ban Quản lý dự án Hà Nội; 4 bị can thuộc Cục Đường bộ Việt Nam; 2 bị can thuộc Ban Quản lý dự án Quảng Ninh; 2 bị can khác gồm: Nguyễn Văn Lâm (Giám đốc Công ty cổ phần Tư vấn kỹ thuật và kiến trúc công trình giao thông và Bùi Thanh Tuân (cựu Phó Giám đốc Công ty cổ phần CFTD Sáng tạo - nay là Giám đốc Công ty cổ phần Tư vấn đầu tư và thương mại PHD).
Trong vụ án, cơ quan công tố truy tố bị can Lê Ô Pích (cựu Giám đốc Sở NN-PTNT, cựu Phó Chủ tịch UBND tỉnh Bắc Giang cũ) về tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ”.
Bị can Phạm Thái Hà (cựu Phó Chủ nhiệm Văn phòng Quốc hội, cựu Trợ lý Chủ tịch Quốc hội) bị truy tố về tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn gây ảnh hưởng đối với người khác để trục lợi”.
Theo cáo trạng, trong quá trình tham gia đấu thầu, trúng thầu và thi công các gói thầu của dự án tại các tỉnh: Bắc Giang (cũ), Tuyên Quang (cũ), Quảng Ninh, TP Hà Nội và tại Bộ GTVT (cũ), ông Nguyễn Duy Hưng đã lợi dụng mối quan hệ thân thiết với một số cá nhân là lãnh đạo cấp cao trong cơ quan nhà nước, trong đó có ông Phạm Thái Hà, để nhờ giới thiệu, can thiệp, tác động đến lãnh đạo cấp tỉnh, Bộ GTVT (cũ), để tạo điều kiện cho Công ty Thuận An tham gia đấu thầu, trúng thầu, thi công.
Sau đó, ông Nguyễn Duy Hưng trực tiếp đến gặp, đặt vấn đề nhờ lãnh đạo tỉnh ủy, UBND các tỉnh và lãnh đạo đơn vị thuộc Bộ GTVT (cũ), chỉ đạo nhân viên cấp dưới tạo điều kiện cho Công ty Thuận An tham gia đấu thầu, thi công dự án.
Cơ quan công tố còn cáo buộc, bị can Hưng chỉ đạo nhân viên của công ty phối hợp với các công ty do Công ty Thuận An tìm, mời hoặc công ty do các ban quản lý dự án giới thiệu, chỉ định để tạo liên danh rồi thông đồng, móc ngoặc với các cá nhân là lãnh đạo ban quản lý dự án các tỉnh, Ban Quản lý dự án 4 thuộc Bộ GTVT cũ và đơn vị tư vấn để phối hợp, tham gia ngay từ giai đoạn khảo sát, lập hồ sơ thiết kế, kỹ thuật, dự toán.
Cùng với đó, ông Nguyễn Duy Hưng còn mời các đơn vị trên tham gia góp ý xây dựng hồ sơ mời thầu; cung cấp, tiếp nhận tài liệu, dữ liệu của hồ sơ mời thầu trước khi phát hành; gửi hồ sơ dự thầu để chấm trước; thỏa thuận chi tỷ lệ phần trăm tiền "cơ chế" cho các cá nhân có trách nhiệm trong việc chỉ đạo, triển khai thực hiện các gói thầu, dự án, để các cá nhân này chỉ đạo cấp dưới phối hợp, cùng thực hiện hành vi vi phạm quy định tại Luật Đấu thầu theo đề nghị của Công ty Thuận An…
Cơ quan chức năng cáo buộc, sai phạm của ông Nguyễn Duy Hưng và các đồng phạm, đối tượng liên quan trong vụ án đã gây thiệt hại tài sản nhà nước tổng số tiền hơn 120 tỷ đồng.
