Theo cáo trạng, trong thời gian giữ chức vụ Tổng Biên tập Báo Thanh Niên, hai bị cáo đã có hàng loạt sai phạm trong việc quản lý, sử dụng tài sản nhà nước, cụ thể là khu đất số 151-155 Bến Vân Đồn (phường Khánh Hội, TPHCM), được Nhà nước giao cho Báo Thanh Niên quản lý để xây dựng trụ sở làm việc.
Tuy nhiên, thay vì sử dụng đúng mục đích, các bị cáo đã tự ý ký kết các hợp đồng hợp tác, góp vốn, vay vốn và thoái vốn với doanh nghiệp tư nhân để triển khai dự án thương mại trên khu đất này khi chưa có ý kiến chấp thuận của cơ quan có thẩm quyền. Tổng giá trị tài sản nhà nước bị thiệt hại là hơn 215 tỷ đồng gồm 205,7 tỷ đồng từ việc từ bỏ quyền sở hữu 9.000m² sàn; 9,5 tỷ đồng do xác định sai giá trị quyền sử dụng đất.
Cáo trạng xác định, những sai phạm trong quá trình góp vốn, vay vốn và thoái vốn khiến tài sản nhà nước bị thất thoát có trách nhiệm thuộc về Báo Thanh Niên, trực tiếp là ông Nguyễn Công Khế, Tổng Biên tập giai đoạn năm 2008, và ông Nguyễn Quang Thông, Tổng Biên tập thời kỳ sau đó.
Trong quá trình thực hiện các hoạt động tài chính này, Báo Thanh Niên không tuân thủ quy định của Nhà nước, khi dùng tiền vay để góp vốn thay vì quyền sử dụng đất, vay vượt quá khả năng tài chính, góp vốn chậm so với thời hạn luật định, và không tiến hành thẩm định giá tài sản.
Việc chuyển nhượng cổ phần cũng không được tổ chức đấu giá công khai, trong khi khu đất đem góp vốn bị định giá thấp hơn thực tế hơn 9,5 tỷ đồng. Đặc biệt, các đợt thoái vốn năm 2010 và 2014 đều không tuân thủ quy trình đấu giá, làm phát sinh thiệt hại cho tài sản nhà nước.
VKSND TPHCM xác định ông Nguyễn Công Khế là người chủ mưu, khởi xướng vụ việc, còn ông Nguyễn Quang Thông giữ vai trò đồng phạm tích cực, cùng tham gia thực hiện và hợp thức hóa các văn bản vi phạm. Tại phiên tòa sáng nay, hai bị cáo đều thừa nhận hành vi đúng như nội dung cáo trạng truy tố.
