Thủ đoạn chiếm đoạt thuế GTGT khá đơn giản, các doanh nghiệp lập bộ hồ sơ hoàn thuế GTGT và được hoàn với số tiền rất lớn. Sau khi được hoàn thuế thì không xuất hóa đơn, kê khai nộp thuế theo đúng với số tiền thuế đã được hoàn trước đó, mà chiếm đoạt luôn hoặc chây ỳ, trốn thuế. Vấn đề đặt ra là sao cơ quan chức năng dễ dàng bị các tổ chức, doanh nghiệp qua mặt để trốn thuế, chiếm đoạt số tiền lớn như vậy?
Thực tế trong nhiều hội nghị đối thoại của cơ quan thuế với doanh nghiệp, thường các doanh nghiệp đều phản ánh, họ rất khó khăn trong việc hoàn thuế GTGT. Có doanh nghiệp chua chát bảo rằng: “Tiền vào nhà thuế thì dễ, lấy ra khó hơn lên trời!”. Từ đó, có thể thấy có nhiều vướng mắc, khuất tất trong việc hoàn thuế GTGT hiện nay, cần phải có biện pháp chấn chỉnh, xử lý hiệu quả, kịp thời. Trong đó, phải siết chặt quy định về hoàn thuế, trách nhiệm của cán bộ thuế trong giải quyết việc hoàn thuế là quan trọng nhất.
Các cơ quan chức năng cần rà soát, kiểm tra lại các khâu hoàn thuế GTGT cho các doanh nghiệp; cần làm rõ, có hay không sự tiếp tay, móc nối giữa cán bộ thuế với các doanh nghiệp trong việc xử lý hoàn thuế GTGT.