Thuế cơ sở 11 TPHCM vừa công bố danh sách gần 280 doanh nghiệp trên địa bàn quận 11 trước đây có các khoản nộp thừa kéo dài hơn 10 năm, tính đến tháng 8-2026. Tổng số tiền nộp thừa gần 1,5 tỷ đồng, trong đó chủ yếu là thuế thu nhập doanh nghiệp, thuế giá trị gia tăng.
Cách đây hơn 1 năm, một đơn vị thuế ở TPHCM cũng đã gửi hơn 1.400 thông báo cho các công ty, hợp tác xã có hơn 1.600 khoản thuế nộp thừa trên 10 năm, yêu cầu các doanh nghiệp này làm hồ sơ để được hoàn thuế. Trong đó, có doanh nghiệp nộp thừa đến 2 tỷ đồng. Những trường hợp này cho thấy một bất cập: tiền đã vào ngân sách nhưng người nộp thuế lại không được bù trừ hoặc nhận lại khoản tiền thuộc về mình.
Với doanh nghiệp, số tiền vài trăm triệu đồng hay hàng tỷ đồng bị tồn đọng trong thời gian dài có thể ảnh hưởng trực tiếp đến dòng tiền và chi phí vốn. Theo Luật Quản lý thuế và Thông tư số 80/2021/TT-BTC hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế, khoản thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa có thể được bù trừ với nghĩa vụ còn nợ hoặc nghĩa vụ phát sinh; trường hợp còn số dư và đủ điều kiện thì được xử lý hoàn trả. Như vậy, cơ chế xử lý khoản nộp thừa đã có nhưng việc định danh, kết nối và đối soát dữ liệu chưa liên thông để xử lý tức thời.
Một người nộp thuế có thể phát sinh nhiều nghĩa vụ theo thời gian, trong khi mỗi khoản tiền đã nộp lại gắn với nhiều thông tin như mã số, khoản phải nộp, tiểu mục, địa bàn, kỳ tính thuế... Nếu dữ liệu chưa đồng bộ hoặc thông tin thanh toán chưa đầy đủ, việc xác định chính xác khoản tiền thuộc nghĩa vụ nào có thể mất thêm thời gian. Khi đó, người nộp thuế phải tra cứu, đối chiếu, làm thủ tục hoặc chờ cơ quan thuế xử lý. Danh sách những khoản nộp thừa tồn cả chục năm cho thấy vướng mắc của quy trình này nằm ở cả thủ tục hành chính và dòng tiền bị “nằm chờ”.
Hiện Cục Thuế đang xây dựng, nâng cấp hệ thống thanh toán ngân sách theo mã định danh khoản phải nộp (ID) trên eTax, eTax Mobile và các kênh thanh toán qua ngân hàng, hướng tới bù trừ nghĩa vụ thuế theo thời gian thực. ID giúp gắn khoản tiền với một nghĩa vụ cụ thể. Khi dữ liệu giữa cơ quan thuế, kho bạc nhà nước và ngân hàng được kết nối đầy đủ, hệ thống có thể xác định khoản tiền đã nộp thuộc nghĩa vụ nào, còn thiếu hay thừa bao nhiêu và có thể bù trừ ra sao theo quy định.
Thách thức hiện nay là khả năng kết nối chưa đồng đều. Theo Cục Thuế, có 40 ngân hàng thương mại hoàn thành kết nối ID khoản phải nộp trên Cổng Thuế điện tử. Đối với eTax Mobile, trong 31 ngân hàng đã kết nối mới có 1 ngân hàng triển khai ID, 23 ngân hàng đang phối hợp và 7 ngân hàng chưa có kế hoạch triển khai.
Để bù trừ theo thời gian thực trở thành thực tế, ID phải đi cùng một hệ thống dữ liệu thống nhất; cần chuẩn hóa thông tin, quy định rõ trách nhiệm và thời gian truyền nhận dữ liệu giữa thuế, kho bạc nhà nước và ngân hàng. Cùng với đó, cần rà soát, làm sạch các khoản nộp thừa tồn đọng, nhất là những khoản đã kéo dài nhiều năm. Nếu chỉ xây dựng hệ thống mới mà không xử lý dữ liệu cũ, người nộp thuế vẫn có thể tiếp tục gặp những vướng mắc tương tự.
Khi tiền đã được định danh và dữ liệu được kết nối xuyên suốt, những khoản tiền thuế nộp thừa sẽ không còn phải “nằm chờ” quá lâu để được nhận diện, đối chiếu và xử lý. Đó mới là giá trị thực chất của việc chuyển sang quản lý thuế bằng mã định danh và dữ liệu thời gian thực.
