Theo đại điện viện kiểm sát, trong vụ án, bị cáo Hoàng Văn Thắng thời điểm phạm tội, với vai trò là Thứ trưởng Bộ NN-PTNN (trước đây) đã có hành vi nhận của Nguyễn Văn Dân (Giám đốc Công ty TNHH MTV Đầu tư và Xây dựng Hoàng Dân - Công ty Hoàng Dân) số tiền 4,54 tỷ đồng để chỉ đạo bị cáo Trần Tố Nghị, thời điểm là Quyền Cục trưởng Cục Quản lý xây dựng công trình (thuộc Bộ NN-PTNT trước đây) tạo điều kiện cho Công ty Hoàng Dân trúng gói thầu thuộc dự án Bản Mồng, tỉnh Nghệ An, việc này gây thiệt hại cho Nhà nước số tiền hơn 51,4 tỷ đồng. Hành vi của bị cáo Hoàng Văn Thắng phạm vào tội “Nhận hối lộ”.
Trong khi đó, bị cáo Nguyễn Văn Dân bị xác định, để tham gia đấu thầu và trúng 5 gói thầu tại 4 dự án do các Ban Quản lý và xây dựng công trình thuộc Bộ NN-PTNT làm chủ đầu tư, Nguyễn Văn Dân đã gặp, nhờ Hoàng Văn Thắng, Trần Tố Nghị giới thiệu, tác động, chỉ đạo lãnh đạo các ban để các cá nhân ở các ban chỉ đạo xuống cấp dưới giúp Công ty Hoàng Dân trúng thầu.
Viện kiểm sát cáo buộc, bị cáo Nguyễn Văn Dân đưa hối lộ để được trúng thầu là hơn 40,2 tỷ đồng. Trong đó, đưa cho Hoàng Văn Thắng số tiền 4,54 tỷ đồng; Trần Tố Nghị 13 tỷ đồng; Nguyễn Hải Thanh (cựu Phó Cục trưởng Cục Quản lý xây dựng công trình) 6,25 tỷ đồng; Trần Văn Lăng (cựu Giám đốc Ban Quản lý và xây dựng công trình 4) 13,4 tỷ đồng và Lê Văn Hiến (cựu Giám đốc Ban Quản lý và xây dựng công trình 8) 3 tỷ đồng.
Trong quá trình tham gia 5 gói thầu của 4 dự án, ngoài việc chi tiền cho một số cá nhân là lãnh đạo Bộ NN-PTNT trước đây, lãnh đạo Cục Quản lý xây dựng công trình và lãnh đạo các ban, Nguyễn Văn Dân còn chỉ đạo Vũ Đình Thịnh (Phó Giám đốc Công ty Hoàng Dân) đưa hợp đồng khống để kê khai năng lực, kinh nghiệm trong hồ sơ dự thầu; liên hệ với các cá nhân có trách nhiệm thuộc các ban để được cung cấp thông tin, file dự toán đã được phê duyệt để làm căn cứ lập hồ sơ đề xuất tài chính đảm bảo trúng thầu trái quy định pháp luật, gây thiệt hại cho Nhà nước số tiền hơn 251,7 tỷ đồng.
Trong quá trình thi công và hoạt động kinh doanh, Nguyễn Văn Dân đã chỉ đạo Bùi Cao Nguyên (phụ trách tài chính) và Vũ Thị Kim Liên (kế toán trưởng) lập và sử dụng 2 hệ thống sổ sách kế toán trái quy định, gây thiệt hại tài sản nhà nước hơn 99,2 tỷ đồng. Trong vụ án, bị cáo Dân có vai trò chủ mưu, cầm đầu. Đại diện viện kiểm sát giữ nguyên quan điểm truy tố đối với 23 bị cáo.
Từ các căn cứ có trong hồ sơ vụ án, xét hỏi tại phiên tòa, đại diện viện kiểm sát đề nghị nhóm các bị cáo phạm tội "Nhận hối lộ": Bị cáo Hoàng Văn Thắng bị đề nghị 4-5 năm tù; bị cáo Trần Tố Nghị bị đề nghị 7-8 năm tù; bị cáo Trần Văn Lăng bị đề nghị 15-16 năm tù; bị cáo Nguyễn Hải Thanh, cựu Phó Cục trưởng Cục Quản lý xây dựng công trình bị đề nghị 5-6 năm tù; bị cáo Lê Văn Hiến bị đề nghị 4-5 năm tù.
Riêng bị cáo Nguyễn Văn Dân bị đề nghị tổng hình phạt 13-16 năm tù về 3 tội danh “Đưa hối lộ”, “Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng” và “Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng”.
Các bị cáo còn lại bị đề nghị từ 30-36 tháng tù, cho hưởng án treo đến 6-7 năm tù về các tội danh khác nhau. Phần dân sự, viện kiểm sát đề nghị bị cáo Nguyễn Văn Dân nộp khắc phục số tiền hơn 350 tỷ đồng; đề nghị tịch thu vào ngân sách số tiền hơn 40 tỷ đồng mà các bị cáo trong vụ án đã nhận hối lộ.
Bào chữa cho bị cáo Nguyễn Văn Dân, Luật sư Bùi Tuấn Anh (Văn phòng luật sư Bùi Đình Ứng) cho biết, mức án mà đại diện viện kiểm sát đề nghị đối với thân chủ của mình là quá nặng. Theo luật sư Bùi Tuấn Anh, là một doanh nghiệp hoạt động lĩnh vực xây lắp, để có công ăn, việc làm thì phải có công trình, dự án; đó là điều kiện sống còn của doanh nghiệp.
Việc bị cáo Dân với các bị cáo khác có thỏa thuận chung chi để tạo điều kiện thực hiện dự án là sai phạm, nhưng xét cho cùng cũng xuất phát từ mục đích tìm kiếm công ăn, việc làm. Làm dự án, không phải dự án nào cũng có lãi, vậy muốn sớm được thanh toán thì nhà thầu phải “chi cơ chế” và như vậy là vướng vào hành vi đưa hối lộ. Cái khổ của doanh nghiệp là vậy.
Theo cáo buộc, bị cáo Nguyễn Văn Dân gây thiệt hại hơn 251,7 tỷ đồng, từ phân tích trên, luật sư Bùi Tuấn Anh cho rằng, số tiền hơn 251,7 tỷ đồng này thực chất gắn liền với hành vi vi phạm quy định về kế toán với hậu quả hơn 99,2 tỷ đồng và mong hội đồng xét xử xem xét nội dung này. Theo thông tin từ luật sư, đến nay, bị cáo Nguyễn Văn Dân được gia đình khắc phục 175 cây vàng, đã nộp 15 tỷ đồng (tổng giá trị khoảng gần 45 tỷ đồng).
Bên cạnh đó, gia đình bị cáo Dân sẽ sớm khắc phục thêm số tiền thiệt hại sau khi đã bán thửa đất của gia đình có trị giá 150 tỷ đồng.