Theo đó, ngày 26-11-2024, Quốc hội thông qua Luật Thuế GTGT (có hiệu lực thi hành kể từ ngày 1-7-2025), tuy nhiên quá trình thực hiện, Chính phủ, Bộ Tài chính nhận được kiến nghị của Bộ Nông nghiệp và Môi trường, các hiệp hội ngành hàng, doanh nghiệp phản ánh vướng mắc về chính sách thuế GTGT, đặc biệt là đối với lĩnh vực nông nghiệp, thức ăn chăn nuôi, điều kiện hoàn thuế…
Đơn cử, doanh nghiệp phải trả thuế GTGT 5% đầu vào đối với hàng hóa là các sản phẩm nông nghiệp mua bán ở khâu thương mại. Số thuế GTGT thu rồi lại hoàn thuế cho những mặt hàng mà phần lớn sản lượng sản xuất ra được dành để xuất khẩu (như cá da trơn, hồ tiêu, cà phê…) dẫn đến lãng phí thời gian và tồn đọng vốn của doanh nghiệp trong khi các tổ chức tín dụng không giải ngân phần thuế này khi cấp vốn lưu động, gây áp lực tài chính và giảm hiệu quả kinh doanh.
Theo số liệu ước tính của một số ngành trong lĩnh vực nông nghiệp, số thuế GTGT 5% mà các doanh nghiệp phải nộp trong 6 tháng cuối năm 2025 như sau: Hiệp hội Cà phê - Ca cao Việt Nam khoảng 5.000 tỷ đồng, Hiệp hội Lương thực Việt Nam hơn 2.000 tỷ đồng, Hiệp hội Hồ tiêu và cây gia vị Việt Nam gần 2.200 tỷ đồng…
Bên cạnh đó, quy định pháp luật hiện hành đã dẫn đến có sự phân biệt đối xử giữa nông sản, thủy sản sản xuất trong nước và nông sản, thủy sản nhập khẩu do không chịu thuế GTGT khi nhập khẩu vào Việt Nam.
Trong khi đó, do thức ăn chăn nuôi thuộc đối tượng không chịu thuế nên không được khấu trừ, không được hoàn thuế GTGT đầu vào, dẫn đến doanh nghiệp sản xuất thức ăn chăn nuôi bị tăng chi phí, tăng giá bán, ảnh hưởng đến người chăn nuôi.
Đồng thời, theo quy định hiện hành, người mua chỉ được hoàn thuế khi người bán đã kê khai, nộp thuế nên đã dẫn đến thực tế là các doanh nghiệp khi xuất khẩu được hoàn thuế GTGT đầu vào, nhưng lại bị chậm do phải chờ xác định người bán hàng cho mình đã kê khai, nộp thuế.
Trên cơ sở nghiên cứu kỹ lưỡng phản ánh, kiến nghị của các hiệp hội, doanh nghiệp, Bộ Nông nghiệp và Môi trường; Bộ Tài chính thấy rằng đây là vấn đề cấp bách, vướng mắc, bất cập của Luật Thuế GTGT, cần phải kịp thời sửa đổi, bổ sung.
Bên cạnh đó, tình hình mưa bão, lũ lụt vẫn diễn biến phức tạp, gây ảnh hưởng nặng nề đến hầu hết các hoạt động kinh tế - xã hội, trong đó có lĩnh vực nông nghiệp, chăn nuôi ở nhiều khu vực trên cả nước. Do vậy, cần thiết phải sửa đổi, bổ sung một số nội dung của Luật Thuế GTGT để góp phần khắc phục hậu quả bão lũ, sớm khôi phục hoạt động sản xuất kinh doanh, đặc biệt là trong lĩnh vực nông nghiệp, tháo gỡ “điểm nghẽn” trong hoàn thuế GTGT.
Theo Bộ Tài chính, dự thảo Luật Thuế GTGT đã đưa quy định không phải kê khai, nộp thuế GTGT nhưng được khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường mua bán ở khâu thương mại.
Trong dự thảo, Bộ Tài chính cũng bỏ quy định về điều kiện hoàn thuế GTGT là người mua chỉ được hoàn thuế khi người bán đã kê khai, nộp thuế.
