Việc vi phạm quy định bảo đảm an toàn thực phẩm đã diễn ra trong hầu hết các lĩnh vực như sản xuất, kinh doanh rau củ; nuôi trồng, khai thác, chế biến thủy sản; chăn nuôi, giết mổ gia súc, gia cầm; sản xuất, kinh doanh chất phụ gia, chất hỗ trợ chế biến, chất bảo quản thực phẩm; sản xuất, kinh doanh thực phẩm chức năng và sữa, bánh kẹo…
Lý giải thực tế trên, theo các chuyên gia, nguyên nhân là do quy mô doanh nghiệp sản xuất, chế biến thực phẩm ở nước ta chủ yếu là nhỏ lẻ. Cụ thể, gần 10 triệu hộ nông dân sản xuất thực phẩm. Đối với 500.000 cơ sở chế biến, có đến 85% cơ sở quy mô vừa và nhỏ, gia đình, sản xuất theo mùa vụ nên nhiều cơ sở không bảo đảm điều kiện an toàn vệ sinh thực phẩm. Một nguyên nhân khác là do nhận thức và ý thức chấp hành pháp luật về bảo đảm an toàn vệ sinh thực phẩm của một số cơ sở còn hạn chế. Nhất là việc sử dụng phân bón hóa học, hóa chất bảo vệ thực vật không đúng quy định trong trồng rau quả, dùng chất cấm trong chăn nuôi gia súc, gia cầm và thủy sản, sử dụng hóa chất phụ gia ngoài danh mục, hay kinh doanh thực phẩm không nguồn gốc xuất xứ... Mặt khác, về phía chính quyền cơ sở chưa thực hiện công tác hậu kiểm chặt chẽ. Việc xử lý các vi phạm còn chưa kiên quyết, đặc biệt tại tuyến xã/phường, chủ yếu là hình thức nhắc nhở. Biện pháp chế tài đã có nhưng không đủ mạnh.
Có thể thấy, vi phạm về bảo đảm an toàn vệ sinh thực phẩm đã gây ra nhiều hệ lụy về sức khỏe của người dân. Cụ thể là gây ra nguy cơ ngộ độc thực phẩm hoặc gây ra các bệnh mãn tính (rối loạn chuyển hóa chất của cơ thể, bệnh tim mạch, bệnh ung thư…). Do vậy, các tỉnh, thành cần thiết phải đẩy mạnh vai trò và trách nhiệm quản lý nhà nước về an toàn vệ sinh thực phẩm của cấp chính quyền tuyến quận/huyện và nhất là tuyến xã/phường; kết hợp cải cách hành chính, chính phủ điện tử trong quản lý nhà nước, tạo điều kiện đẩy mạnh công tác kiểm tra, giám sát hậu kiểm, phát hiện sớm, xử lý nghiêm, công khai các vi phạm về an toàn thực phẩm.
Ở chiều ngược lại, Chính phủ cần khuyến khích các cơ sở sản xuất thực phẩm nhỏ lẻ chuyển đổi sang quy mô hàng hóa lớn để tạo điều kiện thuận lợi cho việc áp dụng quy trình sản xuất thực phẩm sạch cả trong bảo quản, chế biến trong chuỗi hàng hóa thực phẩm an toàn. Áp dụng các hệ thống quản lý chất lượng tiên tiến như HACCP, IS22.000, GAP, chuỗi bền vững, sản phẩm hữu cơ…