Tính đến hết năm 2017, cả nước có 8.539 chợ, trong đó chiếm 75% là chợ ở khu vực nông thôn. Đa phần các chợ thiên về chức năng kinh doanh bán lẻ, còn số lượng chợ đầu mối, chợ tổng hợp có chức năng bán buôn, phát luồng hàng hóa trên cả nước mới chỉ có 83 chợ, chiếm 0,97% tổng số chợ của cả nước.
Các chợ đầu mối được hình thành và tập trung chủ yếu ở vùng có quy mô dân số lớn, vừa là đầu mối giao thông với hệ thống kết cấu hạ tầng phát triển hoặc vùng sản xuất nông sản tập trung, có sản lượng lớn và cơ cấu đa dạng. Cụ thể, hiện tỉnh Thanh Hóa và Quảng Bình đều có 11 chợ, Hà Nội 6 chợ, Đồng Tháp 3 chợ, Tiền Giang 3 chợ, Hưng Yên 4 chợ, TPHCM 3 chợ, Nam Định 3 chợ... chủ yếu kinh doanh nông sản tổng hợp.
Theo đánh giá của ông Trần Duy Đông, Vụ trưởng Vụ Thị trường trong nước (Bộ Công thương), chợ đầu mối có vai trò quan trọng, góp phần đáng kể trong việc phát triển kinh tế xã hội của từng địa phương nói riêng và cả nước nói chung. Chợ là nơi cung cấp hàng hóa thiết yếu như lương thực, thực phẩm, hàng hóa tiêu dùng, đáp ứng nhu cầu của nhân dân; đồng thời tạo công ăn việc làm, gia tăng cơ hội sinh kế cho người dân và tạo nguồn thu cho ngân sách.
Tuy nhiên, bên cạnh những đóng góp cho sự phát triển kinh tế, chợ đầu mối vẫn còn một số tồn tại, đó là cơ sở vật chất của đại đa số chợ còn yếu kém, lạc hậu; công tác chuyển đổi mô hình quản lý chợ còn chậm. Mặt khác, việc hỗ trợ đầu tư xây dựng, cải tạo nâng cấp chợ rất khó khăn. Công tác bảo đảm an toàn thực phẩm, truy xuất nguồn gốc hàng hóa, phòng cháy chữa cháy, vệ sinh môi trường, các dịch vụ cung cấp tại chợ còn rất hạn chế.
Ông Bùi Bá Chính, phụ trách Trung tâm Mã số mã vạch quốc gia - Tổng cục Đo lường chất lượng (Bộ Khoa học và Công nghệ), nhận xét hiện nay vấn đề an toàn thực phẩm, truy suất nguồn gốc là quan trọng hàng đầu đối với sự phát triển của chợ đầu mối. Bởi trọng điểm chợ đầu mối của Việt Nam là phân phối sản phẩm từ nông nghiệp. Do đó, doanh nghiệp cần chú trọng đăng ký mã số, mã vạch, giúp nhà sản xuất và người tiêu dùng dễ dàng truy suất được nguồn gốc sản phẩm, mang lại niềm tin lớn hơn. Chưa kể, việc gắn mã số, mã vạch là yêu cầu của nhiều quốc gia nhập khẩu; do đó, việc gắn mã số, mã vạch sẽ giúp hàng hóa tại các chợ đầu mối có khả năng xuất khẩu tốt hơn.
Ông Ricardo Lopez Pietsch, đại diện Tập đoàn Mercasa (Tây Ban Nha), hiện sở hữu và quản lý 23 chợ đầu mối đang hoạt động tại Tây Ban Nha, chia sẻ một trong những thành công đáng chú ý nhất của tập đoàn là đảm bảo sự hiện diện của nông dân tại các chợ bán buôn ở những vùng nông nghiệp phát triển, khu vực dành riêng cho các nhà sản xuất trong Mercasa. Nhờ sự kết nối này, nông dân sẽ hiểu rõ được nhu cầu thị trường, sản xuất ra các sản phẩm đạt tiêu chuẩn. Hệ thống chợ ở Tây Ban Nha cũng có đầy đủ các kho và kho lạnh, khu dịch vụ phụ trợ. Trong các khu chợ còn tập hợp điểm bán lẻ hiện đại.
Hoạt động đào tạo nghiệp vụ cho thương nhân và người phục vụ tại chợ được tiến hành thường xuyên. Việc kiểm tra, giám sát sức khỏe thực hiện liên tục và có sự hiện diện của thanh tra thú y để đảm bảo rằng quy trình và xử lý sản phẩm tuân thủ các quy định hiện hành và thực hành tốt về vệ sinh an toàn thực phẩm. Đây là yếu tố quan trọng giúp chợ đầu mối hoạt động và phát triển tốt.
Để hệ thống chợ đầu mối trên địa bàn cả nước phát triển, theo ông Trần Duy Đông cần hoàn thiện cơ chế, chính sách khuyến khích để thu hút nguồn vốn đầu tư phát triển chợ đầu mối. Bố trí quỹ đất đủ để đáp ứng nhu cầu xây chợ đầu mối với đầy đủ các khu chức năng; đầu tư, cải tạo nâng cấp cơ sở vật chất chợ đầu mối khang trang, hiện đại nhằm đáp ứng nhu cầu của thị trường; thay đổi phương thức mua bán, giao dịch tại chợ đầu mối theo hướng hiện đại, phát triển các dịch vụ như ngân hàng, bảo hiểm, giám định chất lượng hàng hóa và các dịch vụ thương mại khác tại; tăng cường kiểm soát an toàn thực phẩm tại chợ và áp dụng các phương thức truy xuất hàng hóa kinh doanh; tăng cường quản lý và cải thiện vệ sinh môi trường ở chợ đầu mối.
Trong điều kiện mở cửa thị trường và hội nhập kinh tế, chợ đầu mối hiện nay không những phải chú trọng phát triển về mặt số lượng, mà còn về chất lượng sản phẩm nhằm đáp ứng nhu cầu thị trường trong bối cảnh mới. Theo đó, chợ đầu mối cần chú trọng tổ chức hoạt động theo hướng chuyên nghiệp, hiện đại, tăng cường các dịch vụ phụ trợ, các khu chức năng để cạnh tranh tốt hơn trên thị trường.