Ngay trước khi mất, bác sĩ Nguyễn Văn Hưởng đã đề xuất cùng với Báo Sài Gòn Giải Phóng thực hiện chương trình lâu dài là chăm lo việc học, hàng năm trao tặng học bổng giúp sinh viên ngành y vượt khó học giỏi.
Họp mặt thường niên Hội đồng quản lý Quỹ học bổng Nguyễn Văn Hưởng năm 2015
Thực hiện ý nguyện của ông, Báo Sài Gòn Giải Phóng đã thành lập Quỹ học bổng mang tên Nguyễn Văn Hưởng với 40 triệu đồng (thời giá bấy giờ tương đương 8 lượng vàng) đầu tiên của ông đóng góp, và vẫn được trân trọng lưu giữ tồn quỹ như sự khởi đầu để tiếp tục vận động các nguồn đóng góp vào quỹ suốt 15 năm nay và sau này.
Từ năm 1998 đến nay, Quỹ đã giúp học bổng hơn 1.100 lượt sinh viên, học sinh trung cấp ngành y dược học giỏi, có hoàn cảnh khó khăn và giúp các bác sĩ tình nguyện phục vụ tại vùng sâu, vùng xa của Trường Đại học Y Dược TPHCM và Trường Đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch. Từ năm 2006, Hội đồng quản lý quỹ đã quyết định hỗ trợ thêm các nữ hộ sinh thôn bản.
Tổng giá trị học bổng Nguyễn Văn Hưởng đã trao trong 17 năm qua là hơn 3,5 tỷ đồng.
Tham gia Hội đồng Quản lý Quỹ qua các giai đoạn có các vị: Thầy thuốc Nhân dân - GS.TS. Viện sĩ Dương Quang Trung; GS.TSYK Trần Đông A; GS.TSKH Nguyễn Khánh Dư; TS.BS. Thầy thuốc Nhân dân Trương Văn Việt; GS.TS.BS. Nguyễn Thị Ngọc Phượng; Anh hùng Lao động, BS. Phan Kim Phương; PGS.TS. Nguyễn Tấn Bỉnh; BS. Trương Thị Xuân Liễu; GS.TS Lê Quan Nghiệm; PGS.TS Nguyễn Thị Ngọc Dung; PGS.TS Nguyễn Trường Sơn; TS.BS Nguyễn Hải Nam; TS. Võ Tấn Sơn; DS. Huỳnh Thị Thanh Thủy; ông Nguyễn Đức Khánh; bà Nguyễn Kim Sâm; gia đình BS. Tạ Trung Quấc; gia đình ông Nguyễn Văn Khởi, ông Nguyễn Phước Chấn; ông Nguyễn Xuân Huy; bà Trần Tú Liên; bà Trần Bạch Hà; .…
Chủ tịch đầu tiên Quỹ học bổng Nguyễn Văn Hưởng của Báo Sài Gòn Giải Phóng là Thầy thuốc Nhân dân - Viện sĩ - Tiến sĩ - Bác sĩ Dương Quang Trung. Từ năm 2014, Chủ tịch Quỹ học bổng Nguyễn Văn Hưởng là Bác sĩ Trương Thị Xuân Liễu, nguyên Thành ủy viên - Giám đốc Sở Y tế TPHCM; Phó Chủ tịch Hội đồng quỹ là nhà báo Nguyễn Tấn Phong, Thành ủy viên - Tổng biên tập Báo SGGP.
Về công tác xét chọn:
Các đơn vị thụ hưởng Học bổng Nguyễn Văn Hưởng là Trường Đại học Y Dược TPHCM và Trường Đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch đã có quy trình xét chặt chẽ bằng sự giới thiệu từ cấp cơ sở (lớp -> khoa -> trường).
Báo SGGP cũng có bộ phận chuyên trách là Ban Chương trình Xã hội trực tiếp gặp gỡ để tìm hiểu hoàn cảnh và nguyện vọng của các em.
Nguyên tắc chung là đảm bảo học bổng được trao đúng đối tượng là sinh viên và học sinh trung cấp y dược có hoàn cảnh khó khăn và học giỏi. Số tiền này góp phần giúp đỡ các em giảm bớt một phần khó khăn về học phí và chi phí sinh hoạt. Sau khi nhận học bổng, các em đã có nhiều cố gắng tập trung học tập và tiến bộ. Các sinh viên đã ra trường đều đang công tác ổn định hoặc tiếp tục theo học hệ nội trú để được đào tạo chuyên sâu. Nhiều bác sĩ trẻ đã có những cống hiến và công trình hiệu quả trong sự nghiệp phục vụ sức khỏe nhân dân.
17 năm qua, Quỹ học bổng Nguyễn Văn Hưởng đã nhận được sự đồng hành của các đơn vị, doanh nghiệp, cá nhân: Bệnh viện Chợ Rẫy, Trường Đại học Y Dược TPHCM, Trường Đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch, Bệnh viện Từ Dũ, Bệnh viện Phụ sản Quốc tế Sài Gòn, Bệnh viện Nhân dân Gia Định, BV Đa khoa Hoàn Mỹ,Bệnh viện Triều An, Viện Tim TPHCM, Bệnh viện Bình Dân, Bệnh viện Ung Bướu TPHCM, Bệnh viện Tai-Mũi-Họng TPHCM, Bệnh viện Quân dân miền Đông, Bệnh viện Nguyễn Trãi, Bệnh viện Đa khoa Vạn Hạnh, Bệnh viện Chấn thương chỉnh hình, Hội Phụ sản TPHCM, Công ty Zuellig Pharma VN, Công ty Cổ phần Hóa - Dược phẩm Mekophar, Công ty Cổ phần Dược phẩm OPC, Tổng công ty Xây dựng Sài Gòn, Quỹ từ thiện Bác sĩ Tùng, gia đình BS. Nguyễn Văn Hưởng, gia đình BS. Tạ Trung Quấc, gia đình PGS-TS.BS Lê Đức Lánh, gia đình ông Nguyễn Văn Khởi, gia đình ông Đỗ Hữu Lộc, gia đình ông bà Trần Kim Huê, gia đình ông Nguyễn Ngọc Lầu, gia đình BS. Nguyễn Thị Mỹ, gia đình DS. Phạm Duy Hùng-Phạm Thị Anh Thơ, BS. Nguyễn Thị Ngọc Anh, ông Nguyễn Nhật Dượt, bà Nguyễn Kim Sâm, bà Nguyễn Thị Hồng Hoa…
Hàng năm, căn cứ vào thực tế tình hình vận động tài chính trong năm, Hội đồng Quản lý Quỹ học bổng Nguyễn Văn Hưởng sẽ họp và thống nhất số lượng, trị giá học bổng sẽ trao mỗi năm.
Năm 2015, quỹ trao 40 học bổng sinh viên (6.000.000đ/suất); 20 học bổng học sinh trung cấp (4.000.000đ/suất); 80 học bổng toàn khóa liên tục 6 năm (6.000.000đ/suất). Tổng công 140 học bổng với tổng trị giá 800.000.000 đồng. (Năm 2014 là 100 suất, tổng trị giá 560.000.000 đồng).
Ngoài ra, Quỹ Học bổng Nguyễn Văn Hưởng còn dành mỗi năm 30 triệu đồng để hỗ trợ các nữ hộ sinh thôn bản. Số tiền này được trao tại các chuyến giám sát, đánh giá tại địa phương do Bệnh viện Từ Dũ tổ chức.