Một nội dung mới trong dự thảo Luật Thanh tra là tùy thuộc yêu cầu quản lý, tổ chức thanh tra có thể được thành lập ở cấp tổng cục hoặc cục. Luật hiện hành quy định một bộ chỉ có một tổ chức thanh tra. Các tổng cục, cục chỉ được giao chức năng thanh tra chuyên ngành mà không có tổ chức thanh tra độc lập.