Ngay sau khi nhận được thông tin, Bộ Ngoại giao Việt Nam đã chỉ đạo Đại sứ quán Việt Nam tại Philippines liên hệ ngay với các cơ quan chức năng của Philippines (Bộ Ngoại giao, Bộ Quốc phòng) xác minh thông tin và tiến hành các biện pháp bảo hộ công dân cần thiết.
Phía Philippines cho biết tàu cá PY 96173 TS đã hoạt động đánh bắt cá trái phép tại vùng biển Bolinao, tỉnh Pangasinan của Philippines trong khoảng thời gian từ 20g30’ ngày 22-9-2017 đến 01g00’ ngày 23-9-2017 và có hành vi cố ý sử dụng tàu cá ngăn cản, tấn công tàu PS19 của phía Cảnh sát biển Philippines trong quá trình bị truy đuổi. Lực lượng Cảnh sát Biển Philippines đã bắn súng vào tàu cá PY 96173 TS khi tàu này có ý đâm vào phần đầu của lực lượng Cảnh sát Biển Philippines.
Ngày 24-9-2017, bên lề phiên họp khóa 72 Đại hội đồng Liên Hiệp quốc tại New York, Hoa Kỳ, trong trao đổi với Ngoại trưởng Philippines Alan Peter Cayetano, Phó Thủ tướng, Bộ trưởng Ngoại giao Phạm Bình Minh đã phản đối việc sử dụng vũ lực đối với ngư dân và đề nghị phía Philippines khẩn trương điều tra, làm rõ vụ việc. Chiều ngày 24-9-2017, Đại sứ quán Việt Nam tại Philippines đã cử đại diện đến thăm lãnh sự các ngư dân bị giam giữ, động viên tinh thần các ngư dân và tìm hiểu thêm một số thông tin liên quan đến vụ việc.
Liên quan đến vụ việc này, Bộ Ngoại giao Việt Nam đã chỉ đạo Đại sứ quán Việt Nam tại Philippines tiếp tục làm việc với các cơ quan chức năng Philippines phản đối hành vi sử dụng vũ lực đối với ngư dân dưới bất kỳ hình thức nào, đối xử nhân đạo với ngư dân Việt Nam hiện nay bị giam giữ và yêu cầu phía Philippines điều tra làm rõ vụ việc, sớm thông báo kết quả chính thức cho phía Việt Nam đồng thời có hình thức xử lý nghiêm nếu phát hiện ra những sai phạm của lực lượng chức năng Philippines.
