Báo SGGP ngày 16-5-2018 có bài “Trả lại đúng công năng cho Thảo Cầm viên Sài Gòn”, phản ánh tình trạng Thảo Cầm viên Sài Gòn cho các đơn vị bên ngoài thuê, sử dụng mặt bằng không đúng mục đích. Ngày 5-3-2019, UBND TPHCM đã có công văn chỉ đạo Sở Tài chính và Chi cục Tài chính doanh nghiệp chủ trì, phối hợp với Sở Xây dựng, Sở Quy hoạch - Kiến trúc, Sở Tài nguyên - Môi trường và các sở, ngành có liên quan tổ chức kiểm tra tình hình quản lý, sử dụng mặt bằng khuôn viên Thảo Cầm viên Sài Gòn của Công ty TNHH MTV Thảo Cầm viên Sài Gòn, báo cáo, tham mưu xử lý, trình UBND TPHCM sớm.
UBND TPHCM cũng giao Sở Nội vụ chủ trì, phối hợp với các sở, ngành, đơn vị có liên quan nghiên cứu, tham mưu UBND TPHCM ủy quyền cho Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn hoặc Sở Xây dựng giúp UBND TPHCM theo dõi, quản lý hoạt động của Công ty TNHH MTV Thảo Cầm viên Sài Gòn theo quy định của pháp luật. Nội dung tham mưu trình UBND TPHCM chậm nhất trong tháng 3-2019.