Theo bà Nguyễn Thị Thu Hà, vai trò chủ trì của Mặt trận là sự cụ thể hóa nội dung "trực thuộc" của các tổ chức chính trị - xã hội vào MTTQ Việt Nam. Theo đó, thứ nhất là trực thuộc về tổ chức Đảng, tất cả các tổ chức Đảng của các tổ chức chính trị - xã hội đã về Đảng bộ MTTQ, các đoàn thể Trung ương. Đảng lãnh đạo toàn diện nhiệm vụ chính trị.
Thứ hai, trực thuộc thể hiện qua việc chịu sự quản lý về biên chế (phân bổ chung về Mặt trận), kinh phí hoạt động (các tổ chức chính trị - xã hội sẽ là tài khoản cấp 2 thông qua đầu mối là MTTQ Việt Nam).
Tính trực thuộc cũng thể hiện ở việc có cơ quan tham mưu, giúp việc chung và công tác cán bộ. Người đứng đầu các tổ chức chính trị - xã hội ở tất cả các cấp sẽ cơ cấu làm phó chủ tịch Ủy ban MTTQ các cấp.

Có nhiều điểm mới đối với tổ chức và hoạt động của MTTQ, các tổ chức chính trị - xã hội (cấp tỉnh, xã) theo mô hình mới. Đối với cấp tỉnh, Đại hội đại biểu MTTQ Việt Nam cấp tỉnh (nhiệm kỳ 5 năm/lần), hiệp thương cử Ủy ban MTTQ Việt Nam cấp tỉnh, dự kiến khoảng 90-120 ủy viên (đại diện các tổ chức, các giai cấp, tầng lớp, cá nhân tiêu biểu trên địa bàn). Đại hội được tổ chức ngay sau Đại hội Đảng của mỗi cấp.
Dự kiến Đại hội cấp xã xong trước ngày 31-10-2025, cấp tỉnh xong trước ngày 31-12-2025. Để đảm bảo nhiệm kỳ Đại hội Mặt trận cấp tỉnh, cấp xã là 2025-2030, nhiệm kỳ cấp Trung ương là 2026-2031. Ủy ban MTTQ Việt Nam tỉnh hiệp thương cử Ban Thường trực là cơ quan lãnh đạo, chỉ đạo triển khai, tổ chức thực hiện toàn bộ hoạt động của MTTQ Việt Nam cấp tỉnh (bao gồm cả 5 tổ chức chính trị - xã hội).
Các tổ chức chính trị - xã hội cấp tỉnh, xã (công đoàn, nông dân, phụ nữ, thanh niên, cựu chiến binh) tổ chức Đại hội sau Đại hội Đảng bộ và sau Đại hội MTTQ Việt Nam cùng cấp. Đại hội bầu ra cơ quan lãnh đạo (ban chấp hành, ban thường vụ) và chủ tịch, phó chủ tịch (hoặc bí thư, phó bí thư) để lãnh đạo, chỉ đạo hoạt động của tổ chức. Trước mắt mỗi tổ chức giữ số lượng cấp phó hiện có, sau đại hội thực hiện theo quy định của cấp có thẩm quyền.

Đối với các hội quần chúng do Đảng, Nhà nước giao nhiệm vụ ở cấp tỉnh, xã, quan điểm chỉ đạo phạm vi sắp xếp trực thuộc Mặt trận là các tổ chức hội quần chúng do Đảng, Nhà nước giao nhiệm vụ. Các tổ chức quần chúng khác sẽ hoạt động theo Nghị định 126/2024/NĐ-CP của Chính phủ. Đến nay Bộ Nội vụ đã có những hướng dẫn về việc sắp xếp các tổ chức hội quần chúng khác. Ở Trung ương hiện nay có 30 tổ chức hội quần chúng được Đảng, Nhà nước giao nhiệm vụ và phạm vi sắp xếp của Mặt trận chỉ là các tổ chức này.
Ủy ban Trung ương MTTQ Việt Nam đề nghị Ban Thường vụ tỉnh, thành ủy chỉ đạo rà soát, sắp xếp chi bộ, đảng bộ các tổ chức hội quần chúng do Đảng, Nhà nước giao nhiệm vụ trực thuộc Đảng bộ MTTQ Việt Nam cấp tỉnh.
Trên cơ sở đánh giá hiệu quả hoạt động và tình hình thực tiễn, Ban Thường trực phối hợp với các ban Đảng phụ trách, các sở ngành quản lý Nhà nước đề xuất với cấp ủy cho thực hiện việc sắp xếp các hội quần chúng do Đảng, Nhà nước giao nhiệm vụ có chức năng, nhiệm vụ trùng lặp; kết thúc hoạt động của các hội hoạt động không có hiệu quả; hợp nhất đối với các hội có đối tượng, tính chất, nội dung hoạt động tương đồng.
Với Mặt trận, cần hoàn thành chủ động, thành lập Ban Công tác hội quần chúng ở tỉnh (nếu được), hoặc thành lập một bộ phận theo dõi giúp cho Ban Thường trực Ủy ban MTTQ tỉnh theo dõi hướng dẫn, quản lý các hội quần chúng.
Ở cấp xã phải phân công cán bộ để theo dõi các hội quần chúng. Biên chế kinh phí thực hiện theo quy định hiện hành, thời gian sắp tới Đảng ủy MTTQ, các đoàn thể Trung ương sẽ có phối hợp với Chính phủ để hướng dẫn cụ thể.
Theo bà Nguyễn Thị Thu Hà, việc sắp xếp các tổ chức chính trị - xã hội, các hội quần chúng do Đảng, Nhà nước giao nhiệm vụ về "trực thuộc" MTTQ Việt Nam, tuy nhiên tính chất trực thuộc, mức độ trực thuộc là khác nhau. Mặt trận lãnh đạo toàn diện, trực tiếp các tổ chức chính trị - xã hội, thì các hội quần chúng do Đảng, Nhà nước giao nhiệm vụ là phối hợp, hướng dẫn, quản lý. Mặt trận và các tổ chức chính trị - xã hội có cơ quan tham mưu, giúp việc chung, còn các hội quần chúng do Đảng, Nhà nước giao nhiệm vụ, Mặt trận thành lập bộ phận hoặc phân công cán bộ theo dõi, hướng dẫn.
Từ 1-7-2025, Mặt trận và các tổ chức chính trị - xã hội hoạt động thông suốt theo mô hình mới; các hội quần chúng sẽ tiếp tục sắp xếp, chờ hướng dẫn cơ quan có thẩm quyền.