Cụ thể, theo kịch bản biến đổi khí hậu và nước biển dâng 2016, đến năm 2100 nếu mực nước biển dâng 100cm thì khoảng 17,8% diện tích của thành phố sẽ bị ngập. Trong đó, quận Bình Thạnh ngập khoảng 80,78% diện tích; huyện Bình Chánh 36,43% và huyện Cần Giờ 8,72% diện tích bị ngập. Mực nước biển dâng cao nhất 2 năm gần đây (2013 và 2014) tại trạm Phú An đã đạt 1,7m; ngoài ra, thành phố còn phải đối mặt với tình hình thời tiết cực đoan.
Gần đây nhất là đợt hạn năm 2015 đầu năm 2016, đã ảnh hưởng lớn đến công tác cấp nước sạch của thành phố, hay trận mưa lớn vào tháng 9-2016 với lượng mưa đến 204,3mm đã gây ngập trên diện rộng.
Theo thống kê, lượng mưa đang có xu hướng tăng như lượng mưa ở huyện Cần Giờ tăng với tốc độ 11mm/năm, huyện Củ Chi tăng 1,63 mm/năm.
