Theo Bộ GTVT, việc bổ sung hạng mục tuyến tránh Đông Hưng vào hợp đồng BOT Dự án cải tạo, nâng cấp QL10 đoạn từ cầu La Uyên đến cầu Tân Đệ và sử dụng trạm thu phí Tân Đệ để hoàn vốn được thực hiện theo đề xuất của UBND tỉnh Thái Bình. Trong quá trình triển khai thực hiện, Bộ GTVT đã nhận được ý kiến đồng thuận bằng văn bản của UBND, HĐND và Đoàn đại biểu Quốc hội tỉnh Thái Bình.
Về thời gian thu phí tại trạm Tân Đệ, theo hợp đồng BOT ký năm 2008, dự kiến thời gian thu phí là 21,33 năm. Năm 2014, căn cứ vào chi phí đầu tư được quyết toán, lưu lượng xe thực tế, Bộ GTVT điều chỉnh thời gian thu phí xuống còn 12,25 năm. Tháng 10-2016, khi ký phụ lục hợp đồng bổ sung hạng mục tuyến tránh Đông Hưng, thời gian thu phí tại trạm Tân Đệ dự kiến còn 11 năm 9 tháng (từ tháng 4-2009 đến tháng 1-2021). Thủ tướng Chính phủ đã đồng ý bổ sung hạng mục tuyến tránh Đông Hưng vào dự án nên thời gian thu phí hoàn vốn tại trạm Tân Đệ là thời gian hoàn vốn cho toàn bộ Dự án. Hàng năm, Bộ GTVT giao Tổng cục Đường bộ Việt Nam theo dõi doanh thu và căn cứ chi phí vận hành khai thác được quyết toán để tính toán thời gian hoàn vốn. Như vậy, thông tin về trạm thu phí Tân Đệ đã hết thời hạn thu phí là không chính xác. Tổng cục Đường bộ Việt Nam đã chỉ đạo nhà đầu tư triển khai lắp bảng điện tử tại trạm Tân Đệ nhằm công khai, minh bạch các thông tin về dự án như doanh thu, thời gian thu phí. Bộ GTVT cũng đã yêu cầu nhà đầu tư miễn, giảm phí cho 7 xã thuộc huyện Vũ Thư, tỉnh Thái Bình.
Tuy nhiên, Bộ GTVT thừa nhận, hình thức thu phí lượt không thể đảm bảo công bằng một cách tuyệt đối. Có những phương tiện sử dụng tuyến tránh Đông Hưng nhưng không qua trạm thu phí thì không phải trả phí nhưng một số phương tiện đi lại quanh khu vực trạm thu phí lại vẫn phải trả phí. Trong điều kiện nguồn vốn ngân sách nhà nước khó khăn và không thể cân đối để đầu tư, Bộ GTVT mong sự chia sẻ của người sử dụng với các khó khăn của ngành giao thông vận tải.
