Tuy nhiên, hiện tình trạng chồng chéo, thậm chí xung đột giữa các quy định pháp luật vẫn tồn tại, gây khó khăn và phiền hà cho doanh nghiệp, đặc biệt là tác động rất lớn đến các dự án đầu tư, do không rõ các trình tự để thực hiện các thủ tục cũng như không rõ quan hệ của các đạo luật; làm mất thời gian, lỡ cơ hội đầu tư, làm tăng chi phí và rủi ro đối với hoạt động kinh doanh. Theo các chuyên gia, tình trạng này một phần bắt nguồn từ việc cát cứ quyền lực của các bộ, ngành. Tâm lý thêm quy định này, quy định kia “quyền anh, quyền tôi” để tăng quyền quản lý cho bộ, ngành mình mà không để tâm đến (hoặc bất chấp) sự xung đột với các quy định khác đã và đang diễn ra khá phổ biến.
Trước khi phiên họp chuyên đề của Chính phủ về công tác xây dựng pháp luật diễn ra hôm 5-8, Phòng Thương mại và Công nghiệp Việt Nam (VCCI) đã báo cáo Thủ tướng về 20 điểm xung đột, chồng chéo của pháp luật về đầu tư, đất đai, xây dựng, môi trường, đấu thầu, như: xung đột về thủ tục chấp thuận chủ trương đầu tư đối với dự án xây dựng nhà ở giữa Luật Đầu tư và Luật Nhà ở; xung đột về đấu thầu lựa chọn nhà đầu tư trong dự án có sử dụng đất và đấu giá quyền sử dụng đất giữa Luật Đầu tư, Luật Đấu thầu và Luật Đất đai; xung đột về thủ tục giới thiệu địa điểm đầu tư, địa điểm xây dựng giữa Luật Xây dựng, Luật Nhà ở và Luật Đầu tư; chồng chéo thủ tục xin phép chuyển nhượng dự án bất động sản giữa Luật Đầu tư và Luật Kinh doanh bất động sản; không thống nhất về quyền chuyển nhượng dự án bất động sản giữa Luật Đầu tư, Luật Kinh doanh bất động sản, Luật Nhà ở và Luật Đất đai; có sự khác nhau về trình tự, thủ tục đầu tư dự án quy mô 5.000 tỷ đồng trở lên giữa Luật Đầu tư, Luật Quản lý sử dụng vốn nhà nước tại doanh nghiệp và Luật Xây dựng...
Trên đây mới chỉ là những điểm chồng chéo trong lĩnh vực đầu tư, kinh doanh và đất đai, vẫn chưa thể rà soát hay thống kê hết được những mâu thuẫn, chồng chéo của luật, văn bản dưới luật về hầu hết các lĩnh vực quản lý nhà nước hiện nay. Ví dụ có đến 4 bộ cùng tham gia quản lý rau củ, thịt cá. Cụ thể: Bộ NN-PTNT, Bộ KH-CN kiểm tra, quản lý thực phẩm trong giai đoạn sản xuất hay nhập khẩu; Bộ Công Thương chịu trách nhiệm về chất lượng hàng hóa thực phẩm lưu thông trên thị trường; Bộ Y tế chịu trách nhiệm về chất lượng y tế, chăm sóc sức khỏe người dân, hay tình trạng 7 bộ cùng quản cây xúc xích và chất thải rắn… Do vậy, doanh nghiệp phải thực hiện nhiều thủ tục hành chính trùng lặp, đi lại mất nhiều thời gian, nộp nhiều loại hồ sơ giống nhau cho các cơ quan nhà nước khác nhau, chi phí giao dịch tốn kém. Đã vậy, trong quá trình thực thi, doanh nghiệp phải tiếp nhiều đoàn thanh tra, kiểm tra từ các cơ quan khác nhau nhưng lại có nội dung trùng nhau.
Về nguyên tắc, luật ban hành sau được ưu tiên so với luật ban hành trước, nhưng trên thực tế, bộ ngành nào khi giải quyết công việc cũng thường viện dẫn luật của bộ ngành mình. Việc xử lý của cơ quan thanh kiểm tra cũng thường thiếu nhất quán, cho nên vẫn còn hiện tượng né tránh, sợ sai, lo an toàn cho mình và đẩy khó khăn về phía người dân và doanh nghiệp.
Theo các chuyên gia, để giải quyết vấn đề này cần có giải pháp căn cơ. Cụ thể, cần có cơ quan độc lập tiến hành rà soát, đánh giá toàn diện về thực trạng xung đột pháp luật, đưa ra các giải pháp cụ thể để sửa đổi trong các kỳ họp của Quốc hội. Đối với những đạo luật ban hành trong tương lai, cần giao cho các cơ quan có năng lực chuyên môn soạn thảo, tiến hành nghiêm túc và thực chất các khâu tham vấn, phản biện xã hội độc lập. Về phía Quốc hội, cần làm tốt khâu pháp điển hóa (hệ thống hóa các văn bản đã có sẵn) và rà soát một cách chặt chẽ hệ thống pháp luật hiện hành, bảo đảm tính hệ thống, thông suốt, không cắt khúc trong quá trình xây dựng pháp luật. Có như vậy, cải cách thể chế mới tạo ra được động lực cho quá trình phát triển kinh tế - xã hội của đất nước.