Theo Thông báo kết luận thanh tra, TTCP chỉ rõ nhiều tồn tại, khuyết điểm, vi phạm của Công ty Agrexport Hà Nội như: Xác định giá khởi điểm bán doanh nghiệp không đúng; nguy cơ thất thoát tài sản nhà nước nếu không được phát hiện, xử lý kịp thời...
Cụ thể, theo quy định tại Luật Đất đai năm 2013, Công ty Agrexport Hà Nội chưa hoàn tất thủ tục chuyển diện tích 24.690m² đất được Nhà nước giao sang hình thức thuê đất trả tiền hàng năm và chưa hoàn tất thủ tục về đất đai đối với diện tích đất công ty mua, nhận chuyển nhượng là 348m².
Từ kết luận thanh tra, TTCP kiến nghị Thủ tướng Chính phủ giao Bộ Tài chính chủ trì, phối hợp với Bộ Tài nguyên và Môi trường và các cơ quan liên quan rà soát, đề xuất, kiến nghị các giải pháp về cơ chế, chính sách về xác định lợi thế, quyền sử dụng đất, nhằm xác định đầy đủ, chính xác giá trị doanh nghiệp khi cổ phần hóa doanh nghiệp Nhà nước, tránh thất thoát vốn, tài sản Nhà nước.
Về xử lý trách nhiệm, Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn, Ban Đổi mới và Phát triển doanh nghiệp Công ty Agrexport Hà Nội và Công ty Agrexport Hà Nội phải chỉ đạo kiểm điểm, xử lý trách nhiệm theo thẩm quyền đối với các cá nhân, đơn vị đã có thiếu sót, khuyết điểm, vi phạm.
Trước đó, Phó Thủ tướng Thường trực Trương Hòa Bình đã đồng ý các nội dung báo cáo và kiến nghị của TTCP về những sai phạm được nêu trong kết luận thanh tra.