Nghị định quy định rõ các hình thức xử lý nhà, đất khi thực hiện sắp xếp lại bao gồm: giữ lại tiếp tục sử dụng; thu hồi; điều chuyển; bán tài sản trên đất, chuyển nhượng quyền sử dụng đất; chuyển mục đích sử dụng đất; chuyển giao về địa phương để quản lý, xử lý; tạm giữ lại tiếp tục sử dụng; sử dụng nhà, đất để thanh toán cho nhà đầu tư khi thực hiện dự án đầu tư theo hình thức hợp đồng xây dựng - chuyển giao và các hình thức khác.
Trong đó, việc bán tài sản trên đất, chuyển nhượng quyền sử dụng đất của cơ quan, tổ chức, đơn vị được thực hiện trong 2 trường hợp: nhà, đất dôi dư không còn nhu cầu sử dụng sau khi sắp xếp lại; tạo nguồn vốn để đầu tư xây dựng, nâng cấp, cải tạo trụ sở làm việc, cơ sở hoạt động sự nghiệp của cơ quan, tổ chức, đơn vị thuộc phạm vi quản lý của bộ, cơ quan trung ương, địa phương. Việc bán tài sản trên đất, chuyển nhượng quyền sử dụng đất của doanh nghiệp được thực hiện trong các trường hợp nhà, đất dôi dư không còn nhu cầu sử dụng sau khi sắp xếp lại; tạo nguồn vốn để đầu tư xây dựng, nâng cấp, cải tạo văn phòng làm việc, cơ sở sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp.
Về xử lý nhà, đất sử dụng không đúng quy định: đối với nhà, đất đã bố trí làm nhà ở không đủ điều kiện chuyển giao về địa phương quản lý theo quy định, thủ trưởng cơ quan, tổ chức, đơn vị, doanh nghiệp phải thực hiện di dời các hộ gia đình, cá nhân ra khỏi khuôn viên cơ sở nhà, đất để sử dụng đúng mục đích. Việc hỗ trợ đối với các hộ gia đình, cá nhân phải di dời (nếu có) thực hiện theo quy định của pháp luật về bồi thường, hỗ trợ, tái định cư khi nhà nước thu hồi đất.
Cơ quan, tổ chức, đơn vị, doanh nghiệp có trách nhiệm đề nghị tổ chức làm nhiệm vụ bồi thường, giải phóng mặt bằng nơi có nhà, đất (tổ chức dịch vụ công về đất đai hoặc hội đồng bồi thường, hỗ trợ và tái định cơ cấp huyện) để lập phương án bồi thường, hỗ trợ, tái định cư theo quy định của pháp luật về bồi thường, hỗ trợ, tái định cư khi nhà nước thu hồi đất.
Trường hợp sử dụng toàn bộ cơ sở nhà, đất hoặc một phần cơ sở nhà, đất để cho mượn, cho thuê, hợp tác, kinh doanh, liên doanh, liên kết và các hình thức sử dụng khác không đúng quy định mà có thể tách phần diện tích sử dụng không đúng quy định thành cơ sở độc lập thì xử lý thu hồi theo quy định.
Trường hợp sử dụng một phần cơ sở nhà, đất để cho mượn, cho thuê, hợp tác, kinh doanh, liên doanh, liên kết và các hình thức khác không đúng quy định mà không thể tách phần diện tích sử dụng không đúng quy định thành cơ sở độc lập thì bộ trưởng, thủ trưởng cơ quan Trung ương, chủ tịch UBND cấp tỉnh chỉ đạo cơ quan, tổ chức, đơn vị, doanh nghiệp chấm dứt việc sử dụng nhà, đất không đúng quy định.
Sau khi chấm dứt việc sử dụng nhà, đất không đúng quy định, cơ quan, tổ chức, đơn vị, doanh nghiệp đề xuất phương án sắp xếp lại, xử lý theo quy định tại nghị định này. Bộ trưởng, thủ trưởng cơ quan Trung ương, chủ tịch UBND cấp tỉnh có trách nhiệm chỉ đạo cơ quan, tổ chức, đơn vị, doanh nghiệp nộp toàn bộ số tiền thu được từ việc cho thuê, hợp tác kinh doanh, liên doanh, liên kết không đúng quy định vào ngân sách Trung ương (đối với nhà, đất thuộc Trung ương quản lý), vào ngân sách địa phương (đối với nhà, đất thuộc địa phương quản lý) theo quy định của pháp luật về ngân sách nhà nước.
