Thành phố sẽ sáp nhập Ban Quản lý Đầu tư - xây dựng khu đô thị mới Thủ Thiêm, Ban Quản lý Đầu tư - xây dựng khu đô thị mới Nam TP, Ban Quản lý Đầu tư - xây dựng khu đô thị Tây Bắc TP và chuyển từ mô hình cơ quan hành chính sang mô hình đơn vị sự nghiệp công lập để thành lập Ban Quản lý khu vực phát triển đô thị trực thuộc UBND thành phố. Hiện 3 ban quản lý Thủ Thiêm, Khu Nam và Khu Tây Bắc đang quản lý 3 khu đô thị lớn của TPHCM là: khu đô thị mới Thủ Thiêm, khu đô thị mới Nam thành phố và khu đô thị Tây Bắc.
Theo quy hoạch điều chỉnh năm 2012, khu đô thị mới Thủ Thiêm có diện tích 657ha, gồm các phường An Khánh, Thủ Thiêm, An Lợi Đông và một phần phường Bình An, Bình Khánh của quận 2. Khu trung tâm đô thị mới Thủ Thiêm được chia làm 5 khu vực chính với 8 khu chức năng: Khu lõi trung tâm chính, Khu vực Hồ trung tâm, Khu châu thổ phía Nam, Khu dân cư phía Đông, Khu phía Bắc Đại lộ Đông-Tây và dọc theo Đại lộ Vòng cung gắn với Khu dân cư phía Bắc.
Khu đô thị mới Nam Thành phố được quy hoạch trên diện tích 2.965ha, gồm một tuyến đường xương sống dài 17,8km, lộ giới 120m và 10 làn xe, bắt đầu từ cửa ngỏ của Khu chế xuất Tân Thuận, xuyên qua quận 7, quận 8, huyện Bình Chánh, dừng lại tại quốc lộ 1 hướng về vùng đồng bằng sông Cửu Long và 21 phân khu chức năng được xây dựng dọc hai bên đường cấu thành một đô thị hiện đại, hỗn hợp đa chức năng gồm: trung tâm tài chính, thương mại, dịch vụ, công nghiệp sạch, khoa học, văn hóa, giáo dục, y tế, nghỉ ngơi, vui chơi, giải trí với quy mô dân số khoảng 500.000 người.
Khu đô thị Tây Bắc có diện tích 6.089ha (giai đoạn 1) thuộc một phần diện tích xã Tân Thới Nhì (Hóc Môn), xã Tân Phú Trung, xã Tân Thông Hội, Tân An Hội, thị trấn Củ Chi và xã Phước Hiệp (Củ Chi). Dân số hiện trạng 40.810 người với khoảng 10.566 căn nhà. Dân số quy hoạch 300.000 người. Dân số vãng lai 50.000 người. Còn khu đô thị Tây Bắc sẽ là một trung tâm cấp thành phố với các chức năng: dịch vụ, thương mại, y tế, văn hóa, giáo dục đào tạo, thể dục thể thao và nghỉ dưỡng vui chơi giải trí. Điểm nhấn của khu đô thị Tây Bắc là y tế và giáo dục. Bên cạnh đó, thành phố cũng sẽ thành lập Ban Quản lý dự án đầu tư xây dựng các công trình dân dụng và công nghiệp trực thuộc UBND TP trên cơ sở hợp nhất các Ban Quản lý Đầu tư xây dựng các công trình thuộc: Sở Y tế, Sở Giáo dục và Đào tạo, Sở Văn hóa và Thể thao, Sở Lao động - Thương binh và Xã hội và sáp nhập vào Ban Quản lý Đầu tư - Xây dựng công trình Nâng cấp đô thị…
