Đại diện lãnh đạo 6 tỉnh thuộc vực sông Cầu (Bắc Kạn, Thái Nguyên, Bắc Giang, Bắc Ninh, Vĩnh Phúc, Hải Dương) và các bộ có liên quan nhận định, trên dòng chính sông Cầu, khu vực thượng nguồn (từ tỉnh Bắc Kạn đến thành phố Thái Nguyên), chất lượng nước sông duy trì ở mức tốt và ít có sự biến động trong giai đoạn 2016 đến tháng 7-2019. Với chất lượng quan trắc được, nước sông có thể sử dụng cho mục đích cấp nước sinh hoạt, nuôi trồng thủy sản và các mục đích tương đương khác.
Tuy nhiên, đoạn sông Cầu chảy vào thành phố Thái Nguyên, chất lượng nước bị suy giảm so với khu vực thượng nguồn, môi trường nước sông ở mức trung bình, có thời điểm ở mức kém, do chịu tác động tổng hợp của nhiều nguồn thải.
Đoạn sông Cầu chảy qua Bắc Ninh, Bắc Giang, chất lượng nước chỉ ở mức trung bình, nước sông chỉ đáp ứng được cho mục đích giao thông, thủy lợi và các mục đích tương đương khác do chịu tác động đáng kể bởi các hoạt động công nghiệp, làng nghề, dân sinh.
Đáng lưu ý, "điểm nóng" về ô nhiễm môi trường nước sông kéo dài và không có sự cải thiện qua các năm trên lưu vực sông Cầu là sông Ngũ Huyện Khê, mức độ ô nhiễm gia tăng vào mùa khô. Đây là một nhánh sông cấp 1 nằm ở khu vực hạ lưu lưu vực sông, bị ô nhiễm khá nặng do tiếp nhận nước thải của làng nghề giấy Phong Khê. Giai đoạn từ năm 2018 đến 7-2019, trên lưu vực sông Cầu xuất hiện "điểm nóng" ô nhiễm mới là khu vực suối Bóng Tối, chất lượng môi trường nước sông bị ô nhiễm do tiếp nhận trực tiếp nước thải sinh hoạt của thành phố Thái Nguyên.
Theo Thứ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường Võ Tuấn Nhân, trong năm 2019, việc triển khai Đề án tổng thể bảo vệ môi trường lưu vực sông Cầu đã đạt được một số kết quả đáng kể; song nhìn chung, tình hình vi phạm pháp luật về bảo vệ môi trường trên lưu vực sông Cầu vẫn còn xảy ra ở nhiều nơi, nhiều cơ sở, đặc biệt là hành vi xả nước thải vượt quy chuẩn kỹ thuật quốc gia về nước thải với phương thức vi phạm “có chiều hướng tinh vi và nguy hiểm”.
Năm 2020, Bộ Tài nguyên và Môi trường thực hiện sửa đổi Luật Bảo vệ môi trường, xây dựng quy hoạch quan trắc môi trường, quy hoạch đa dạng sinh học, quy hoạch bảo vệ môi trường quốc gia. Đây chính là cơ sở để giúp các địa phương quản lý tốt hơn môi trường tại địa bàn.
Trao đổi về công tác bảo vệ lưu vực sông Cầu năm 2020, các ý kiến nhấn mạnh yêu cầu ban hành các quy định gắn trách nhiệm của lãnh đạo địa phương và người đứng đầu các cơ sở gây ô nhiễm môi trường nghiêm trọng thuộc phạm vi quản lý tại từng địa phương.
Lãnh đạo địa phương có nguồn thải lớn nhất ra lưu vực sông sẽ chịu trách nhiệm chính trong giải quyết vấn đề ô nhiễm. Đồng thời, cơ quan chức năng sẽ tập trung thanh tra, kiểm tra các doanh nghiệp có lưu lượng nước thải từ 100 m3/ngày đêm trở lên; xây dựng và vận hành hệ thống thông tin cơ sở dữ liệu quản lý các nguồn thải trên lưu vực sông Cầu…