Lý do chính là không bố trí đủ vốn. Báo cáo nêu rõ: "Do nguồn lực đầu tư hết sức hạn hẹp nên kiến nghị Quốc hội xem xét, cho phép giãn tiến độ hoàn thành nối thông toàn tuyến quy mô tối thiểu 2 làn xe đến sau năm 2020".
Đường Hồ Chí Minh là công trình quan trọng quốc gia, đã được khởi công xây dựng từ năm 2000. Nghị quyết của Quốc hội yêu cầu đến năm 2020, hoàn thành nối thông toàn tuyến từ Pác Bó (Cao Bằng) đến Đất Mũi (Cà Mau) quy mô tối thiểu 2 làn xe với chiều dài khoảng 2.744 km (không bao gồm các đoạn đi trùng đã và đang được đầu tư bằng các dự án khác).
Đến nay, đã hoàn thành 2.180km/2.744 km đạt 79% và khoảng 258 km tuyến nhánh; đang triển khai đầu tư 275 km; còn lại khoảng 289 km chưa bố trí được vốn để triển khai thực hiện, Chính phủ cho biết. Trong đó, khu vực phía Bắc từ Pác Bó (Cao Bằng) đến Chợ Bến (Hòa Bình) dài khoảng 273 km, đã hoàn thành 81 km, đang thi công 32 km và chưa triển khai 160 km.
Còn hai dự án chưa triển khai. Một là đoạn Chợ Chu - ngã ba Trung Sơn (30 km/tổng mức đầu tư 1.800 tỷ đồng; theo nghị quyết của Quốc hội thì triển khai bằng nguồn vốn trái phiếu Chính phủ dự kiến khởi công hoàn thành 2016 - 2018, tuy nhiên đến nay chưa được bố trí vốn). Đoạn thứ 2 là Đoan Hùng - Chợ Bến, dài 130 km/tổng mức đầu tư 16.216 tỷ đồng, theo nghị quyết Quốc hội dự kiến thực hiện theo hình thức BOT, khởi công hoàn thành 2016 - 2020. Tuy nhiên, do phương án đầu tư theo hình thức BOT không khả thi về phương án tài chính nên đang nghiên cứu chuyển đổi hình thức đầu tư phù hợp.
Như vậy, để nối thông đoạn phía Bắc cần bố trí vốn để triển khai 2 dự án thành phần trên với tổng chiều dài khoảng 160 km/tổng mức đầu tư 18.016 tỷ đồng.
Khu vực miền Trung từ Hòa Lạc (Hà Nội) đến Tân Cảnh (Kon Tum) chiều dài đầu tư trước đây khoảng 1.532 km bao gồm cả nhánh Tây dài 684 km, đã hoàn thành đầu tư xây dựng 1.350 km, đang triển khai 182 km (sau khi duyệt dự án chỉnh tuyến còn 175 km), dự kiến đến năm 2021 sẽ hoàn thành toàn bộ.
Khu vực Tây Nguyên từ Tân Cảnh (Kon Tum) đến Chơn Thành (Bình Phước) dài khoảng 553 km, đã hoàn thành toàn bộ.
Khu vực phía Nam từ Chơn Thành (Bình Phước) đến Đất Mũi (Cà Mau) có chiều dài khoảng 382 km, đã hoàn thành 192 km, đang thi công 61 km, chưa triển khai 129 km. Để nối thông khu vực phía Nam cần bố trí vốn để triển khai 2 dự án thành phần với tổng chiều dài khoảng 129 km/tổng mức đầu tư 10.431 tỷ đồng.
Tổng cộng, hiện còn 4 dự án thành phần dài 289 km cần tiếp tục đầu tư xây dựng để nối thông đường Hồ Chí Minh nhưng chưa cân đối được nguồn vốn, theo Chính phủ là sẽ ảnh hưởng đến tiến độ nối thông toàn tuyến vào năm 2020 như yêu cầu của Quốc hội.
Cụ thể, tổng nguồn vốn để nối thông toàn tuyến dự án đường Hồ Chí Minh (giai đoạn 2) là 104.106 tỷ đồng. Trong đó đã xác định được nguồn là 75.659 tỷ đồng, gồm có vốn ngân sách Nhà nước và trái phiếu Chính phủ là 35.507 tỷ đồng. Vốn huy động đầu tư theo hình thức BOT là 7.103 tỷ đồng, vốn huy động đầu tư theo hình thức BT là 11.485 tỷ đồng, vốn huy động vay ODA là 21.564 tỷ đồng.
Nhu cầu vốn đầu tư để nối thông toàn tuyến là 28.447 tỷ đồng, gồm: vốn dự kiến huy động đầu tư theo hình thức BOT là 22.782 tỷ đồng cho 2 dự án (Đoạn Đoan Hùng - Chợ Bến và đoạn Chơn Thành - Đức Hòa); và phần vốn trái phiếu Chính phủ cần tiếp tục cân đối là 5.665 tỷ đồng cho 2 dự án (đoạn Chợ Chu - Ngã ba Trung Sơn; đoạn Rạch Sỏi - Bến Nhất và Gò Quao - Vĩnh Thuận).