Trong đó quy định rõ: đối với lô hàng có nhiều loại thực phẩm; thực phẩm phối chế có nhiều thành phần thuộc thẩm quyền quản lý của 2 bộ trở lên hoặc thuộc thẩm quyền quản lý của 2 cơ quan quản lý của ngành nông nghiệp thì tổ chức, cá nhân nhập khẩu lô hàng có quyền lựa chọn một cơ quan kiểm tra (chủ trì tiếp nhận hồ sơ) để thực hiện thủ tục hành chính.
Sau đó, cơ quan chủ trì tiếp nhận hồ sơ đăng ký kiểm tra có trách nhiệm phối hợp với các cơ quan liên quan để giải quyết thủ tục hành chính theo quy định của pháp luật. Các cơ quan có trách nhiệm kiểm tra an toàn thực phẩm đối với các sản phẩm nhập khẩu trong phạm vi chức năng, nhiệm vụ được giao theo quy định của pháp luật.