Các tài liệu tại hội thảo cho thấy, nhìn chung, ngành chế biến nông sản của Việt Nam còn khá nhiều hạn chế. Tỷ trọng ngành công nghiệp chế biến trong chuỗi giá trị, khâu chế biến chỉ sử dụng 5-10% sản lượng nông sản sản xuất ra. Việc chế biến chủ yếu là thủ công, ít nhà máy hiện đại; chưa có nhiều mô hình gắn kết giữa chế biến với vùng sản xuất.
Các sản phẩm chế biến cũng chưa đa dạng, chủ yểu là các sản phẩm đơn giản như bún, miến, rau quả sấy khô, nước ép… Tỷ lệ chế biến cà phê, một mặt hàng mà Việt Nam là nhà sản xuất vào tốp đầu thế giới, cũng chỉ khoảng 10% và hầu hết là cà phê bột, cà phê tan. Đầu tư cho công nghiệp chế biến chưa tương xứng với tốc độ phát triển của nông nghiệp. Hệ số đổi mới thiết bị trong những năm qua mới chỉ ở mức 7%/năm (bằng 1/2 đến 1/3 mức tối thiểu của các nước khác); điều khoảng 5%, chè 5%, cá tra 10% và cao nhất là tôm, khoảng 40%. Trình độ công nghệ chế biến nhiều mặt hàng nông sản trên 90% là mức độ trung bình và lạc hậu.
Một chi tiết đáng lưu ý khác là việc sản xuất phế, phụ phẩm còn rất hạn chế, chưa khai thác hết tiềm năng. Ví dụ trong sản xuất lúa gạo, với sản lượng trên 40 triệu tấn lúa/ năm, sẽ có khoảng 40 triệu tấn rơm, 8 triệu tấn trấu và 4 triệu tấn cám có thể tạo ra nhiều giá trị gia tăng ngoài gạo như dầu cám, thức ăn chăn nuôi, củi trấu, giá thể nấm…
Trong sản xuất đường, mỗi năm phát sinh 1 triệu tấn bã mía có thể dùng làm nguyên liệu phát điện và 600.000 tấn rỉ mật có thể sản xuất nhiên liệu sinh học. Ngành chế biến điều mỗi năm có khoảng 400.000 tấn vỏ thô có thể chế biến ra dầu vỏ điều, song mới sử dụng được rất ít.
Một trong những nguyên nhân quan trọng dẫn đến hiệu quả hoạt động ngành này còn thấp được các đại biểu chỉ ra tại hội thảo là nguồn nhân lực chưa đáp ứng được yêu cầu. Có tới 55,63% chủ doanh nghiệp trong lĩnh vực này có trình độ học vấn từ trung cấp trở xuống, trong đó 43,3 chủ doanh nghiệp có trình độ học vấn từ sơ cấp và phổ thông các cấp.
Về lực lượng lao động, có 75% lực lượng lao động trong các doanh nghiệp vừa và nhỏ chưa qua đào tạo chuyên môn kỹ thuật. Việc thực hiện chưa đầy đủ các chính sách bảo hiểm xã hội, bảo hiểm y tế cho người lao động đã làm giảm chất lượng lao động trong khu vực này. Do đó, việc áp dụng các công nghệ kỹ thuật tiên tiến, hiện đại cũng gặp nhiều khó khăn…