Thạc sĩ Hoàng Trọng Hiệp, Trưởng ban Đối ngoại, Hội Kế toán TPHCM cho rằng, Luật KTNN sửa đổi chưa chỉ rõ được tác động đến việc giải quyết các khó khăn của KTNN, cũng như chỉ ra các tác động đến các thành phần khác của nền kinh tế.
Về cơ sở pháp lý đề xuất thêm đối tượng được kiểm toán là “… người nộp thuế, và tổ chức khác…” với lập luận rằng thuế là nguồn thu của ngân sách nhà nước nên người nộp thuế cần phải được kiểm toán là không thuyết phục, không phù hợp.
Ông Hiệp phân tích, đối tượng kiểm toán của KTNN là việc quản lý và sử dụng tài chính công, tài sản công. Hoạt động KTNN không thể bao gồm toàn bộ “quá trình hình thành nguồn đến các hoạt động quản lý, sử dụng”. Hơn nữa, không phải ở đâu có người nộp thuế là ở đó có nguồn thu thuế, việc đồng nhất khái niệm người nộp thuế và nguồn thu thuế cần được xem lại.
Cũng liên quan đến đối tượng kiểm toán, các đại biểu cho rằng, nên kiểm toán các doanh nghiệp có vốn của Nhà nước, trong luật không nên phân chia, phân biệt tỷ lệ vốn nhà nước nắm giữ để kiểm toán.
Đại biểu Quốc hội Phạm Phú Quốc, Phó viện trưởng Viện Nghiên cứu Phát triển TPHCM, đề nghị phải làm rõ sự phối hợp để kiểm toán và thanh tra không trùng lắp, hạn chế tối đa tình trạng mạnh đoàn nào đoàn đó làm.
Luật sư Trương Thị Hòa, Đoàn Luật sư TPHCM, đề nghị phải tăng cường và bảo vệ tính độc lập trong hoạt động. Để đảm bảo khách quan và chuyên nghiệp, ông Nguyễn Văn Tấn, đại diện Viện Kiểm sát nhân dân TPHCM, đề nghị phải có bộ phận độc lập, có các chuyên gia tài chính, chuyên gia độc lập thật giỏi để xem KTNN có đúng hay không. Đặt ra thẩm quyền giải quyết cuối cùng, đại diện Viện Kiểm sát nhân dân TPHCM cũng đề nghị, cần bổ sung cơ chế xét xử của tòa án trong trường hợp đơn vị được kiểm toán, cơ quan, tổ chức, cá nhân có liên quan đến hoạt động KTNN không chấp nhận giải quyết khiếu nại của Tổng KTNN.
Liên quan đến tiêu chuẩn kiểm toán viên, các đại biểu cho rằng, kiểm toán viên là một nghề đặc thù, đòi hỏi năng lực chuyên môn cao và bắt buộc phải có chứng chỉ kiểm toán viên.